后来，陈诚调任远征军司令时，戴笠仍在继续追查。不久，军统云南站又从远征军总司令部方面得到了有关这几个人的材料，并搞到了他们的组织章程和部分行动计划，再度引起戴笠的高度重视。经查实，戴笠发现其中有一人竟是陈诚的亲戚。戴笠如获至宝，他一方面上报蒋介石有人欲发动兵变，另一方面，他又向何应钦等暗示说陈诚部将要对许多高级将领进行暗杀活动。
由于戴笠从中作梗，蒋介石下令陈诚立即对那几个人进行拘捕，并押解至重庆审判。陈诚十分清楚，这是戴笠在搞鬼。但为了在蒋介石面前证明自己的清白，不得不下令让自己的特务头子张振国把人交给军统局。同时，军统也把在重庆的几个有关人员一并拘押。戴笠一直想通过这件事把陈诚除掉，但几位当事人坚称此事与陈诚无关，是由自己发起的。由于没有确凿证据，无法上报蒋介石，此案也就一直拖延了下来．直至戴笠死后。
戴笠到死都没能如愿，但与陈诚结了仇。这下他死了，陈诚是怎么也不会放过这个好机会报复军统的。其实陈诚还有一个打算，那就是想在裁减军统之后，让自己手下的特务头子张振国把军统部分机构和人员接收过来．以扩大自身的特务系统。
孔祥熙和戴笠结仇是在1942年。这件事的起因就是当初轰动一时的“林世良走私案”。
1942年，日军侵占仰光。当时林世良任国民党中央信托局运输处经理，为孔祥熙家族敛财聚富。他既是孔门红人，又是孔二小姐的未婚夫，所以常常是有恃无恐，十分嚣张，打着替中央银行运钞票的特种物资的旗号，大肆走私各种紧俏物资，大发国难财。对此，戴笠记恨在心。
这年，在仰光的大成公司，趁林世良在此抢运公物，私下托他夹运价值1600万元的走私物资。林世良认为此举油水很大，便同意冒险包运。但此举被军统滇缅公路工作人员发现，检查时候截留了走私货车，并迅速向戴笠报告。戴笠以林世良“勾结私商走私违禁物资，扰乱战时经济，破坏抗战大局”为由上书蒋介石。蒋介石闻报大怒，下令将林世良逮捕审讯。
孔样熙一家知道林世良等人被逮捕后，大为紧张，连忙暗中打通关节，进行多方营救。经过一系列幕后交易之后，林世良被从轻发落。
