戴笠一听这个，就不高兴了，对毛人凤说：“国难当头，你还想女人，知道委座那句话的意思吗，就是让我们整顿内部。”
原来，特务处有不少家属，男男女女的搞得乌烟瘴气，有些特务一门心思谈恋爱，根本无心工作。蒋介石正是让他们“回家整顿”。
等回到南京，戴笠、毛人凤立刻着手完成“校长”交给他们的任务。首先迅速布置潜伏组织，以应付抗战初期国土沦陷后的对敌情报工作。其次，精简机关，提高特务们的办事效能。此外，还下令严禁结婚。
2. 第一次较量
1937年8月13日，日本侵略军大举进攻上海，史称“淞沪事变”。事变发生的当天，戴笠率领毛人凤、潘其武等人赶到上海，建立秘密机关，坐镇指挥上海的特工力量，用以配合中国守军的抗战。蒋介石发布手令：“逮捕汉奸，各方权限不清，责任不负，以致纠纷多端，以后关于逮捕汉奸之案件，准令戴副局长负责主持，另派有关人员会同检查办理，以归统一，而免纠纷。”这样，国民政府就将逮捕汉奸之权完全交给了戴笠领导的军统。为了挫败日本与伪政权达成部分和平的企图，军统展开了系统的活动，搞了一系列暗杀锄奸活动，使得军统声名大振。
这个时候，军统局取代特务处正式成立，戴笠任副局长，负实际责任。正局长是贺耀祖，只挂名不问事。当时郑介民是主任秘书，兼军令部第二厅处长，他仅在戴笠出差的时候代为处理一些问题。在抗战相持阶段，军统局的副局长仍是戴笠，帮办唐纵，主任秘书郑介民，副主任秘书毛人凤。机构设置与前一阶段相似，但也有很大的增加，比如建立了华北区、华中区、海外区等重要的外围组织和派出机构。
戴笠和毛人凤正在上海紧张布置潜伏工作时，蒋介石在南京紧急召回他们，让他们参与侦破一起最高军事机密泄露案。原来，8月初，蒋介石主持召开最高国防会议，会议的中心内容是：在日军发动上海战役前，先行歼灭在上海的日本海军陆战队，封锁江阴要塞，拦截江阴上游各港口和江面上的日本军舰与商船，确保南京、武汉等大城市的安全。但是，这个命令还没有下达到有关部队，原先耀武扬威地停泊与行驶在南京、武汉、重庆一带的日军舰船及侨民几乎在一夜之间均撤往江阴以下江面，且撤退的情景非常慌乱和狼狈。
