1703 年，因为一起突发事件，仓央嘉措和第巴之间的裂隙进一步加大。原来，第巴等人认为仓央嘉措身边的男仆拉旺撺掇仓央嘉措游戏作乐，所以与钟锦丹津鄂木布、阿旺那木准、多罗鼐、噶济纳巴、特依本等人商议，欲杀拉旺。有一天，仓央嘉措带着六七个随从出行，突然遭到十余人袭击，他身边受宠的随从塔尔占鼐被砍死，尸骨被扔到路边，拉旺肩部受伤。受到惊吓的仓央嘉措立即赶到第巴家，指责第巴策划了这一行动，否则没有人敢如此大胆，令第巴查出嫌犯。第巴虽然答应了，但事后告知达赖喇嘛，嫌犯未能查出。
当时著名的宁玛派喇嘛久美多吉的弟子在《圣僧自传遗事炽热太阳 》中记载：“那时很多藏蒙僧众对六世达赖喇嘛之所为进行各种邪视诽谤。第司仁波切（第巴）一方面嘱托寺院的轨范师和执事等人，指示他们为了不再出现对圣尊行为的邪视现象，要在法会和经堂对众僧教诫一天。另一方面认为，是仲科塔尔杰乃（拉旺）将圣尊带坏，如将此人除掉，则会有利。于是第司便准备派人在圣尊去宫后射箭回来时，将塔尔杰乃在半路杀掉。其日，恰巧达赖之衣给了塔尔杰乃穿，塔尔杰乃之衣又穿给了仆人，所以错将仆人杀死。知道杀错后，另一人又补刺塔尔杰乃一刀，但未被杀死，只是受伤倒地。于是传言四起??之后圣尊对出现如此严重的乱子，特别是对第司的做法非常不满。”
据有关文献引述当时在拉萨的清朝使者荐良的奏折：“达赖喇嘛查此案数月，才破获，将钟锦丹津鄂木布等五人交付拉藏处死。因此五人俱与第巴亲昵，故第巴恳求免其身命，拉藏不肯，杀之。从此结仇，用药毒害拉藏??”可见，这一突发事件不仅导致仓央嘉措与第巴直接交恶，而且还令第巴和拉藏汗的矛盾激化。拉藏汗与第巴矛盾不可调和的另外一个佐证，是此时出现并广泛流传的有关拉藏汗已拘捕第巴的谣传。1704年5 月，去拉萨回来的青海贝勒戴青和硕齐在奏折中说：“我五月十一日到达，拘捕第巴之说是假，他还正常管理事务??”这封奏折的一个关键信息在于其中提到的有关仓央嘉措的印象。他说：“看达赖喇嘛转世，行止如凡人，和拉藏一起经常放鸟枪、射箭。”
拉藏是协助五世达赖喇嘛统一西藏建立地方政权的蒙古和硕特部固始汗的重孙。他是一位有野心有计谋的蒙古汗，同第巴桑结嘉措可谓棋逢对手。过去一般认为，第巴和拉藏汗的矛盾由来已久。可是，根据有关专家搜集的拉藏汗、五世班禅、六世达赖喇嘛、青海王扎西巴图鲁、清朝使者荐良等人的奏疏、书信、奏折等历史文献，实际上，拉藏到西藏之初，与第巴和六世达赖喇嘛的关系十分融洽。
继汗位之前，拉藏生活在位于青海的游牧地，并未与西藏第巴势力直接对立。据史料记载，第巴桑结嘉措还曾于1701 年将达赖喇嘛赏的百余户朗生（农奴）分给拉藏。康熙四十一年（1702 年），被六世达赖喇嘛仓央嘉措拒绝受比丘戒一事所困扰的第巴为了说服六世达赖，专门邀请拉藏赴拉萨协助劝说。次年，正是在六世达赖喇嘛和第巴的支持下，在前任蒙古汗去世、汗位空悬两年之后，拉藏才得以继位。当时，清廷派驻西宁喇嘛商南多尔济曾奏呈说，达赖汗之位，本来是要让他的长子丹津旺扎勒继承的，但是长子有病，不明事理，“故令其弟拉藏继位”。
有专家认为，拉藏与其兄旺扎勒不同，一直游牧在青海，与西藏政教界人士没有深交，当然也不会积怨，这应该是达赖喇嘛和第巴选择拉藏为汗的主要原因。拉藏即位之后，第巴桑结嘉措也以年老为名隐退，其位交给儿子继承。不过，西藏地方政府的大权，实际上还是大半控制在他的手里。
根据有关专家发现的史料，拉藏汗曾对清朝使者荐良说：“第巴欲立我为汗，让达赖喇嘛坐察奇尔巴顿汗之床，以控制达赖喇嘛。故曾与我甚为友善。”这段话中，“察奇尔巴顿汗”是梵语的蒙古语口语形式，意即 “转轮王”的意思。“转轮王”既是观音菩萨的转世，也是众生之王，西藏出现的第一位“转轮王”就是吐蕃赞普松赞干布。所以，拉藏汗的意思是说，第巴给拉藏以汗位的虚名，实际上却利用“转轮王”信仰，让仓央嘉措成为西藏政教两界的领袖，而第巴自己站在仓央嘉措身后，成为真正掌握西藏政教大权的那个人。
