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巴尔的摩决定进行反击。1987年1月，他主动向美国卫生研究院（NIH）要求对涉嫌造假的《细胞》论文进行官方调查。一起涉嫌造假的事件的当事人自己要求官方进行调查，这是没有先例的。NIH同意了，在当年5月由其外机构研究办公室开始调查。经过半年多的初步调查，NIH在1988年1月成立一个由三名免疫学家组成的委员会审查那篇《细胞》论文的工作，由一家制药公司的首席科学家约瑟夫·戴维（Joseph Davie）担任主席。三名委员中，有两名与巴尔的摩的关系非同寻常：洛克菲勒大学的詹姆斯·达尼尔（James Darnell）是巴尔的摩的好友，曾经一起编写过一本教科书；哈佛大学的弗雷德·阿尔特（Fred Alt）曾经在巴尔的摩手下做过博士后研究。显然，这不太可能是一个公正的委员会，欧图尔反对这一安排，而巴尔的摩则欣然接受。
两个多月后，众议员丁格尔开始介入此事。丁格尔主持众议院能源与商务委员会的监督与调查分会，以调查对政府资金的虚报、滥用、浪费而著称，曾经因为揭露国防合同的造假和华尔街公司的腐败而震惊全美。丁格尔相信政府提供的科研资金也被滥用了，而NIH没有能力加以控制。他需要有一个案件来证明这一点。伊马尼希－卡里一案正当其时。
1988年4月12日，丁格尔举行第一次有关“NIH资助项目中的欺诈”的国会听证会，调查塔夫茨大学、麻省理工学院和NIH是如何对待欧图尔的指控的。欧图尔和站在她一边的人马--马普里索普、斯图尔特和费德等人都出席作证。马普里索普作证说，他曾经听到伊马尼希－卡里告诉《细胞》论文的第一作者韦弗，她的实验出了问题，没能得到想要的结果--她获得的实验结果和后来欧图尔做出的是一样的。
这也是个一面倒的听证会：巴尔的摩、伊马尼希－卡里以及塔夫茨大学、麻省理工学院的人马都没有被邀请参加。巴尔的摩极其愤怒。他给几百名科学家发去一封信，攻击丁格尔，宣称国会对此案的介入完全没有必要，必须停止。他认为国会议员们不会关心事实真相，而只在乎招引公众的注意和自己的形象，一旦让他们插手，事情将变得无法收拾。科学家们纷纷写信给丁格尔抗议其所作所为。科学家们的“傲慢”反而激怒了丁格尔。丁格尔向伊马尼希－卡里发出传票，命令她交出实验记录本。伊马尼希－卡里拖到7月才交给NIH一大本活页记录本。欧图尔和其他人在看了该记录本后，认为其中明显有假。至此，伊马尼希－卡里首次被指控造假。丁格尔下令财政部特勤处对伊马尼希－卡里交出的记录本用刑侦手段做鉴定。
在发现NIH的调查委员会中居然有两位是巴尔的摩的朋友后，丁格尔宣布该委员会与当事人之间存在利益冲突，NIH的调查大成问题，必须重来。NIH换掉了这两名委员，以斯坦福大学和芝加哥大学的教授取代，组成新的委员会，仍由戴维主持。NIH委员会与伊马尼希－卡里做过几次面谈，发现很难和她沟通，因为她的英语非常糟糕，经常搞不清楚她想要表达什么意思。如果我们阅读面谈的记录，会觉得她甚至连基本的英语表达能力都不具备。这不能不让人疑惑，英语水平如此低下的人，如何能在美国名牌大学当教授？也许，这是对付调查的一种策略？由于英语沟通出现问题而产生误会，在后来一再被伊马尼希－卡里的支持者用来做为为她辩护的理由。
