达尔文临终前只有夫人爱玛和子女在场，他的临终遗言是对爱玛说：“告诉我所有的孩子们记住他们对我总是那么的好。”“我一点也不怕死。”他对进化论和不信神的立场，至死没有改变过。在临死前两个月，他写过三封信，在三封信中都重申了其进化论观点。在达尔文的生命的最后一个秋天，1881年9月28日，他在家中接待了两位著名的无神论者。在谈话中，达尔文认为没有任何证据可以支持基督教。但他不同意他们向大众宣传无神论的做法，认为不信神的立场只适合于有教养的人，而让普通大众接受的时机还不成熟。他并提到，即使是他，也是经过了长期的思考，一直到40岁时（主要因为女儿安妮的夭折）才彻底抛弃了基督教。对这次会面和谈话的内容有非常可靠的历史记录。谁能相信就在同一时间，达尔文突然向一位传教士忏悔？
达尔文不信神、反对基督教的立场还有他晚年亲笔写下的文章为证。他的自传主要写于1876年，但是在其生命的最后一年，还在做修改。这个自传是给其子女看的，并没有打算发表，其中不仅介绍了他的进化论观点，为自己在这方面所做的贡献感到自豪，而且非常坦率地、猛烈地抨击基督教，以致在其死后（1887年）发表时，在夫人爱玛（一位虔诚的基督徒）的要求下做了大量的删节，直到20世纪50年代才得以完整地出版。达尔文在自传中，用专门一章阐述自己的信仰，批驳了各种有关上帝存在的证据，认为没有任何理由认为上帝存在，并介绍了自己唾弃基督教的经过：
“当我在贝格尔号船上的时候，我是非常正统的，我记得当我引用《圣经》做为道德的某个方面的不能辩驳的权威时，还受到了几名军官（虽然他们自己也非常正统）发自内心的嘲笑。我想是因为这种争辩方法的新奇使他们觉得有趣。但是，从《旧约》那套显然是虚假的世界历史，比如通天塔、彩虹是一种信号，诸如此类，从它让上帝具有一名仇恨深重的暴君的感情，我越来越认识到，《旧约》并不比印度教的圣书或任何一个野蛮人的信仰更值得信赖。这个问题在我的心中逐渐升起，并且驱逐不去--我们是否可以相信这一点，如果上帝向印度人启示的话，对他的信仰是否就要跟对毗湿奴、湿婆等等的信仰联系在一起，就像基督教的信仰是跟《旧约》联系在一起的？这在我看来是绝对不可信的。
“需要有最明显的证据，才能使任何一个精神健全的人相信那些支持基督教的奇迹。而我们越是认识自然界的固定法则，奇迹就变得越不可信。而那时候的人是如此无知和轻信，到了我们几乎难以理解的程度。而福音书无法被证明是在事件发生的同时写成的。而它们在许多重要的细节上都互不相同，这些细节太重要了，在我看来必须承认是出于不可靠的目击者。由于以上列举的这些反省--我并不是因为它们是新鲜或有价值才提出的，而是因为它们影响到了我--我逐渐地不再相信基督教是神启的。有许多虚假的宗教已经像野火般地传布到地球上的大部分地区，这个事实对我也是重要的。《新约》的道德观看上去很美丽，但很难否认，它的完美是部分地依赖于那些我们现在视为象征和寓言的解释。
