达尔文把他的子女当成了科学观察的对象，一出生就开始详细地观察和记录他们的一举一动，从中收集证据用来证明人类的情感与动物并无本质区别，必定是经过进化而来，而不是上帝创造的。在他看来，孩子的夭折也是一个自然事件，并非上帝的安排。医学也许有一天会发现疾病的自然因素和治疗方法，但是宗教对此毫无用处。
爱玛则是个虔诚的基督徒，面对孩子的死亡，特别是她和达尔文最宠爱的大女儿安妮死亡，和当时的多数人一样，从宗教信仰中寻找安慰：希望安妮能上天堂，等自己死后与她在天堂上再见。但她也不能明白上帝把安妮从她身边夺走的目的何在。她珍藏了安妮的一些遗物，放在一个书箱中。它们至今还在达尔文后人的手中。
达尔文此前已向爱玛明确表示过，虽然他曾经是剑桥神学院的学生，但是他不相信基督教。他仔细推敲过基督教的教义，发现没有证据和理由能够让他接受基督教。但是他还和爱玛、子女们一起上教堂参加礼拜仪式。在安妮死后，达尔文彻底地告别了基督教，不再参加礼拜仪式，星期天把家人送到教堂，自己则留在外面等他们。安慰他的，只有安妮留下的美好回忆--在安妮死后一周，他写下了一篇安妮回忆录。
安妮究竟得了什么病，当时并无明确的记载，其死因也只简单地写着“发烧”。但是从其发病过程和症状看，现在一般认为安妮得的是肺结核。在当时没有任何药物可以真正治疗肺结核。实际上，当时对绝大部分疾病都没有真正有效的药物，流行的药物大多含汞、砷等重金属，或者是鸦片之类的毒品，不仅不能治病，反而能对身体造成进一步的伤害。
在安妮患病后，达尔文根据一位名医的建议，每天对安妮进行“水疗”，例如用湿布包裹患者全身，猛烈揉搓5分钟。在家中治疗无效后，达尔文把安妮送到了那位名医的疗养院，在其指导下进行水疗。一个月后安妮就死在了那里。在安妮生命的最后几天，达尔文日夜陪伴在她身边，每天写信向因怀孕留在家中的爱玛汇报情况，留下了详细的记录，读之令人心酸。
安妮死于1851年。当时医学界对肺结核的病因一无所知，有的认为它是消化不良引起的，有的认为它是一种遗传病--这让经常患病的达尔文更感到内疚。事实上当时对传染病的病因都一无所知。26年后，德国医生科赫发现炭疽杆菌，首次证明传染病是病菌引起的。在读了科赫的论文后，达尔文评论说：“我还清楚地记得在二三十年前我对自己说，如果能够证明传染病的起源，那将会是科学的最大胜利；而我现在很高兴看到了这一胜利。”5年后，科赫发现了结核杆菌。1921年据此出现了能预防结核病的疫苗（卡介苗）。但是一直到1944年链霉素的出现，才有了真正能够治愈结核病的药物。
孩子是父母能够得到的最好礼物，而孩子的夭折也给父母带来了最大的痛苦。我们应该庆幸现代医学的进步大大降低了出现这种痛苦的可能性，这是达尔文时代的人们所难以想象的。它确实算得上是科学最大的胜利之一。
