1939年，当第二次世界大战爆发的时候，巴顿立即尝试看能不能再次入伍。起初，他被拒绝了。他被告知在国王的法令里没有一条允许像他这样的情况的人参军的。巴顿气极了，他大声的反驳说："也没有任何一条法令说像我这种情况的人就不能参加！"
他得到了曾经与他在一起的同事们的支持，特别是那些知道他的不幸遭遇的人。英国急需要飞行员，所以巴顿再次加入了英国皇家空军，而且成为了第222飞行中队的指挥官。在敦刻尔克大撤退中，他展示了他非凡的实力。他被任命为第242飞行中队的指挥官。他们在战斗中失去了将近一半的队员，士气低迷。因为他装有假肢的原因，士兵们以为他们是会被领导着退缩的。但情况恰恰相反，他在空中飞行了大概一个小时，他用精湛的飞行技艺证明了他不是那种人。
道格拉斯·巴顿是能够用他独特的顽强精神和非凡的领袖气质重新振奋军心和士气的人。从一开始，他就用自己的方式来培养和训练他的士兵，完全忽略飞行指挥部的战略。实际上，他的想法被证明是最有用的，后来也成为整个英国皇家空军在轰炸德国以及护航飞机方面最有效的策略。
1940年8月30日，在巴顿的带领下，第242飞行中队和在德国飞机的作战中，全队在仅仅一个小时之内就击落了12架德国飞机。他们像暴风雨一般一天连续出击三四次。
巴顿由于在空中大战中击落了22 5架敌机而成为最大的功臣--在他和一位伙伴一起击落了一架德国飞机之后，他们都同意各占一半的功劳。整个事件使得他成为了英国皇家空军职位排行第五的人。这件事情的重要性是无法估量的。如果没有空军优势的话，英国在第二次世界大战中就不可能保卫她的领土和领空。德国对他们的轰炸就会像在欧洲的其他地方那样易如反掌。鉴于他在战斗中的英勇行为和非凡的领导能力，巴顿被授予"杰出飞行十字勋章"和"金十字英勇勋章"。
空战暂停的时候，巴顿带领着他的飞行中队并没有停止对德国的轰炸。在飓风中，他单独驾驶多尼尔轰炸机。他在英国皇家空军的改革中起到了举足轻重的作用。在美国悄悄的来回巡视英吉利海峡的时候，他也指挥了三个飞行中队，影响了美国的战略部署。成功的完成任务之后，巴顿开始习惯打开他的驾驶舱盖，并且在他的两个膝盖间点燃一根烟斗。当其他的飞行员看到他这样的行为的时候，他们就和他保持一定的距离，担心会出事。
1941年，在法国上空，巴顿驾驶的飞机与一架德国的梅-109式战机发生空中相撞。他的飞机机尾被撞裂了，垂直的往下坠落。他打开驾驶舱盖，准备用降落伞逃生。就在这个时候，他发现自己的右腿被卡住了，他被钉牢在飞机机身上。他感觉自己的假肢被下坠的飞机猛拉着。最后，用于绑他的假肢的绷带断开了，这使得他得以跳伞逃生。
在德国的战俘营里，他询问说是否可以发个消息给英国那边送一个假肢过来。这原本是一件令人吃惊的事情，但是德国人同意了他的请求。于是英国皇家空军在一次正常的轰炸中用装货箱扔下了一只假肢。在被扔下的过程中，那个假肢有一点点的损坏，但是德国人帮忙修好了它，并且把它拿到了巴顿住的医院去。巴顿重新装上了假肢，并且在没有人注意的时候，他随意的在医院里走来走去--他想尝试逃跑。德国人逮住了他，但是他在以后的日子里仍然保持着一种高昂的公然违抗的态度。所有被囚禁在战俘营里的英国战俘都明白，逃跑意味着更多的人来看管着你，或者直接被杀死。但是即使是失败的逃跑也是有价值的。最终，德国军队把巴顿送到了著名的防止战俘逃跑的战俘营里，这也意味着巴顿以后再逃跑就很难了。
巴顿在战俘营度过的5年里，他和他同住的人进行和尝试了不下300次的逃跑。他们组成一个完整的滑翔机的形状，走出去的时候就穿着德国士兵的服装。这使德国人花了很多的人力和物力来镇压他们。艾雷·尼夫是第一个成功地逃出去的人。后来他成为了英国国会议员，并在1979年爱尔兰共和军的一次汽车爆炸中死亡。
