* 将太阳置于中心可解决所有与行星顺序有关的不明确处。它们的轨道离太阳越远，环绕一圈所需的时间越长。水星最靠近太阳，轨道时间最短为88天，而遥远的土星要绕太阳1周，则需花费30年。
这是非常聪明的新假设，不过细节令他苦恼。哥白尼决意使用新模型，比托勒密所使用的系统更准确地计算行星位置。不过，他天生的保守性格阻挡了他。他跟托勒密一样，只想得到沿圆形路径运动的行星。他也跟托勒密一样，将行星置于与其他圆相接的圆上。等到推移调整好之后，哥白尼得到超过48个圆和本轮，反而使他无法看清真相。一位自传作家写道：“这系统变成一场混乱的噩梦，根本没有《 天体运行论 》第一章里承诺必会有的和谐简单性。”
也许是因为他美丽的孩子变成了一场噩梦，所以让哥白尼决定把它藏起来。但或许是出于恐惧。在致教宗保罗三世的《 天体运行论 》前言中，哥白尼写道：“数世纪的共识已经肯定地球位于天空的中央静止不动，因此若我有相反的主张，认为地球会移动的话，那些相信那些共识的人必定会认为我的说法是疯狂的……当我衡量这些疑虑时，我有理由害怕受到蔑视。……几乎让我想完全放弃已着手进行的研究。”
无论如何，哥白尼还是在1530年前完成了《 天体运行论 》，然后他秘而不宣。令人讶异的是，天主教会通过卡普阿枢机主教苟柏克（Schoenberg），强力敦促他发表这个新理论。他终生的好友、后来成为库姆主教的吉赛（Tiedemann Giese）恳求了他多年，希望他能发表。哥白尼最后终于被热情投入的弟子芮提克斯（Georg Joachim Rheticus）说动。年轻的芮提克斯有哥白尼所欠缺的满腔热情。他把哥白尼找出来，并钻研和精熟他的手稿，然后在哥白尼的祝福下，于1540年发表详细的总结，称为《 首次报告 》（Narratio Prima）。在劝说了更多年后，芮提克斯终于说服哥白尼同意将完整的研究作品付梓。可惜芮提克斯无法监督这本书完整的出版过程，他把它交给了路德教派的牧师欧珊德（Andreas Osiander）负责。当这本书于1543年出版时，欧珊德因个人的理由，以匿名方式加了一篇简介，表示这本书的概念纯粹只是假设，除了作为计算用的工具外，不用严肃看待。芮提克斯与吉赛对此非常愤怒，不过那篇简介仍留了下来，而且多年来一直被视为是出自哥白尼之手。
尽管有欧珊德的告诫，《 天体运行论 》注定要引起一场缓慢的革命。伽利略、开普勒与牛顿纷纷以它为理论基础，而他们的研究不断累积，摧毁了“宇宙是像子宫般的有限世界，而地球及其上的人类为宇宙中心”的古老观点。年老谨慎的哥白尼却设法使自己不陷入他的观念所引起的纷乱中。
开普勒（Johannes Kepler）就因哥白尼卓越的构想而深受震撼。他写道：“我承认哥白尼的观点是真正的事实，并且充满狂喜地思索它的一致性。”不过我们可以合理地问，哥白尼是否从他对宇宙的新视野中获得任何喜悦。从他的个性来看，我们无法想象他会大喊“Eureka”，然后跑去告诉朋友他的发现，或是敬畏于他所看到的一切。不过，他的确相当欣赏秩序。这似乎就是让他重建创世之轮的原因，或许这也让他获得满足感，但这只有从他对《 天体运行论 》的简介中看得出来：
因此假设我将在本书中归因于地球的运动；在漫长密集的研究后，我终于发现若其他行星的运动与地球的轨道运行有相互关联，而且可以为每个行星的公转而计算，不仅它们的现象符合，所有行星与球体的秩序与大小均合，而且天空本身的联结紧密，其中任一部分的任何物体发生移动，都会使整个宇宙的其余部分陷入混乱。
他的朋友吉赛写道，1543年5月24日，一本《 天体运行论 》交到在床上弥留的哥白尼手上。那时他已经虚弱得无法阅读。因此我们永远无法得知他对欧珊德委婉的前言看法如何。哥白尼显然真的相信地球会运动，但他显然也极度害怕生活会陷入不断的争论中，被人视为无知。若每一位英雄真的都充满英雄气概，每一场革命都有煽动叛乱的人，每一位发现者都高洁明智，不就可以构成一个可爱的故事了吗？然而，那就只会是一个故事而已。哥白尼也许曾经是个黑暗的灵魂，但他看到宇宙中心的光，并且看出那就是太阳。他以个人乖戾、谨慎又烦躁的方式，做到了阿基米德夸口却做不到的事——他移动了地球。
