在华东腹地的安徽，马蔚华忙于公务，先后去过全省60多个县。他曾感触于合肥夏日的酷暑难当，更感慨于省委错综复杂的干部关系。1986年夏天，长江、淮河发大水，马蔚华骑着自行车奔波于政府部门之间上传下达，时刻准备着下到一线去支持抗洪防汛工作。正是这两年感慨良多的为官经历，让他对社会实际有了直观的感受。
1988年，李贵鲜调任中国人民银行行长，马蔚华再次随同李贵鲜调到北京，担任人民银行总行办公厅副主任、计划资金司副司长等职。在人民银行任职期间，他以政府经济官员的身份参与中国宏观经济运行，见证了中国银行业的许多重大事件和变革。
20世纪80年代的改革初期，中国没有“商业银行”这一概念。经济改革的重心在企业改革，而金融业要为之提供配套服务，所以金融改革比企业改革滞后。直到1984年企业改革后具有了活力，需要有一个合理完善、支撑整个经济运行的金融体系，因此分出了工、农、中、建四大专业银行，标志着中国商业银行体系雏形的出现。中央银行与商业银行“不分彼此”，人民银行又监管又放贷，运动员裁判员一起做的格局被打破。
八十年代中后期，整个国民经济发展和经济体制改革对银行业和金融业提出了更高的要求，专业银行运作中存在的不少弊端也逐渐暴露，决策层开始考虑建立体制较新、业务较全、范围较广、功能较多的银行，逐渐地，四大国有银行的业务藩篱被打破。
1986年7月，国务院批准恢复设立交通银行。此后先后成立了中信实业银行、深圳发展银行、广东发展银行等10家全国性股份制商业银行，突破了四大专业银行一统天下的格局，进入了金融主体多元化的时代。这些股份制商业银行既补充了国有银行的市场漏洞，又激活了国家金融体制，现已成为金融体系的重要组成部分。现在这10家银行迅速发展壮大，其总资产已占全国商业银行总资产的七分之一。
1988年，深圳发展银行率先进入资本市场，1991年实现上市。通过上市，深圳发展银行建立了正常的资本金补充机制，为提高透明度，发挥市场监督功能，建立现代银行制度作了有益的探索。同时政策规定突破了地方不能办银行的限制，全国各地大中城市分步组建了近百家地方性商业银行。中国银行业融入世界的脚步从此加快，银行业对外开放地域逐步从经济特区扩展到沿海城市和中心城市。
1992年10月，马蔚华南下任央行海南省分行行长、党组书记、国家外汇管理局海南分局局长，一直至1999年。此前他在中央部委及地方打下了极强的人脉关系和政治资源，为以后的工作制造了便利。在海南期间，有两件事丰富了马蔚华的人生履历。一是受命解决海南发展银行破产清理工作；另一件事就是用了4年时间攻读西南财经大学博士研究生。
壮士扼腕：关掉银行的人
“银行会破产？不是有国家兜着吗？”这是我们身边常见的惊讶。是的，纵观当代金融史，中国的银行有国家信用的支撑，基本不会破产关门。但是海南发展银行就属于这“基本”之外的范畴。
1995年，为了加速海南地方经济的发展和妥善处理停业信托机构的债权债务问题，海南省政府决定成立海南发展银行，在5家信托投资公司的基础上，向全国募股组建海南发展银行。当时这5家公司中除了富南信托能够正常经营外，其他四家都已经在金融系统大整顿时被取消了经营资格，但它们还留下了部分资产和大量的债权债务；这意味着海南发展银行一起步就背负上了沉重的包袱。筹建海南发展银行，是为了化解地方金融风险。当时，受到上世纪九十年代初海南地产业泡沫影响，只能通过多方途径弱化房地产业对海南金融的影响。
