再加上在实际运作中，ETF联接基金的比较基准也不是百分之百的ETF标的指数，而多半是95%的标的指数加上5%的商业利率。
由于以上几个方面的原因，即使跟踪的是同一指数标的基金，ETF联接基金和ETF基金也会有一定的差距。
表2-17是截至2009年三季度的已挂牌交易的ETF基金。
表2-17截至2009年三季度的已挂牌交易的ETF基金
代码名称份额/亿份增减幅度（%） 510050 华夏上证50ETF 510180 华安上证180ETF 159901 易方达深证100ETF 510880 友邦华泰红利ETF 159902 华夏中小板ETF ●功能区别
ETF联接基金与ETF的最大不同是它丧失了交易上的便利性。
图2-4显示的是某天交易中的 ETF和ETF标的指数行情。
ETF行情
指数行情
图2-4某天交易中的ETF和ETF标的指数行情
ETF基金的特性都是基于其场内交易的特点而得到凸现的，比如其可套利性、高度跟踪指数的特点、低廉的费用等，这些特性中，绝大部分并不会移植到ETF联接基金上。
ETF联接基金与ETF基金的功能区别体现在以下几个方面：
（1）可套利交易功能失效。ETF基金的套利交易是建立在二级市场价格和基金的净值出现差异的基础上的。不管是即时套利，还是停牌套利、隔日套利等，通过一揽子股票形式的申购和赎回是套利的基础。ETF联接基金与一般开放式指数基金无异，是无法实现套利交易的。
不过套利交易对于小投资者来说，并不是很重要的特性。
（2）高度跟踪指数功能部分失效。ETF联接基金投资于标的指数的比例不低于90%，但作为一般开放式基金，ETF联接基金必须以现金或现金等价物应对赎回的情况。因此，ETF联接基金虽然“追求跟踪偏离度和跟踪误差最小化”，但较之ETF还是会存在一定的出入。
（3）高流动性功能失效。这一点对于部分投资者来说可能是影响最大的。由于可以场内转让，ETF结算为T+1，当日买入后次日可卖出，当日卖出后当日可买入。也就是说，如果场内买卖ETF，可以实现资金T+1到账。
一般的开放式基金在申购之后T＋2日才能赎回，赎回之后T＋7日内资金到账（各家公司时间不等），灵活性明显弱于ETF基金。从目前来看，虽然证监会的规定并没有对ETF联接基金作出限制，不过目前所有的公司都将联接基金设计成一般开放式基金，因此流动性上与一般开放式基金无异。
（4）低廉费用的特点部分失效。在场内购买ETF的投资者，其手续费不会超过。证监会规定，ETF联接基金不能对投资于 ETF部分的资产收取管理费，托管行也不能对这一部分收取托管费。这就避免了投资者在ETF联接基金和ETF基金上的双重交费。不过申购赎回费用以及投资 ETF之外资产的管理费和托管费仍然存在。
这也就是说，ETF联接基金付出的是申购赎回费用，而ETF基金在场内买卖缴纳的是交易佣金，无印花税。从这一点上比较，ETF在进出场费用上的优势是无可比拟的。
