营救行动之前，指挥部对行动之后的疏散救治工作做了认真的安排。俄军控制剧院后，７００多名救援人员迅速跟进疏散和救助人质，由于吸入毒气，多数人质都处于昏迷状态。这些人质都被抬上等候在剧院外的上百辆救护车，送往莫斯科市十几家大医院进行治疗。此前成立的“心理救助中心”也迅速派人到各医院对人质进行心理安慰。但另一方面，救护工作显然没有估计到使用化学气体的严重后果，没有采取有效的应对措施。
营救行动结束后，俄内务部长格雷兹洛夫下令彻底清查“车臣恐怖网络”，全力追捕残余匪徒和里应外合之徒，坚决遏制可能出现的极端主义浪潮。俄联邦安全总局局长帕特鲁舍夫也称，反恐行动并未结束，俄各强力部门正在对此事进行深入调查，并全力追捕绑匪同伙。因为有迹象表明，在危机期间有匪徒的同伙隐藏在剧院周围及莫斯科市内某些地方，向剧院内的绑匪通风报信。特种部队拘捕了数名藏匿于剧院及混在人质中的恐怖分子，并在附近街道和居民区挨家挨户地进行搜查。莫斯科警方也在全市展开大搜捕，逮捕了３０多名向绑匪提供情报的内奸。俄内务部还加强了对居民区、学校、医院及机场、车站等交通枢纽、重要设施的警戒和保安。据称，俄警方对遍布全国各地的武器弹药和爆炸物存放点加强了警卫。
对于没死的恐怖分子，俄军警早有准备。剧院四周和整个莫斯科市都部署了整整四道防线：从里向外分别是突击队包围圈、特警队包围圈、内务部队包围圈和武装警察包围圈。由于现场四周的居民们已经在人质事件发生之初就被全部疏散，所以搜捕歼灭“漏网之鱼”不算难事。构筑四道防线的军警装甲车、宣传车上的高音喇叭以及俄罗斯电台和电视台反复播放俄罗斯内务部副部长弗拉基米尔·瓦西里耶夫的指示：“严正警告那些正在逃亡的匪徒：缴枪不杀。继续逃跑，或者负隅顽抗都是死路一条！”
为防止恐怖分子混在人质中潜逃，警方对被营救出来的人质进行“过滤”――核对他们的身份。而紧急情况部更是将每个人质的详细资料送交收治伤员的各家医院，让警方和医院核实伤员中有无恐怖分子，内务部还专门开设了一条热线电话，以供人质家属核实亲人的身份。莫斯科警察局一名高级官员透露，莫斯科警察局０２局奉命记录莫斯科公民提供的―切可疑人员的电话报告。另外，莫斯科警察局已经弄到了从剧院逃脱的恐怖分子的名单，所以想轻易逃出莫斯科恐怕没有那么容易。
一名恐怖分子混入了剧院外的记者群中，试图潜逃，但很快就被发现，当即被逮捕；另一名恐怖分子也被捕获。虽然行动得手后，一些俄罗斯媒体报道称部分绑匪混迹于人质中间逃出了剧场。一些政府官员也曾向莫斯科市民发出了协助搜索绑匪的呼吁，但联邦安全局局长帕特鲁舍夫几个小时后，面见总统普京时报告说，所有绑匪无一逃跑，或被击毙，或遭生擒。据悉，共有５０名绑匪被击毙，其中男性３２人，女性１８人，２名匪徒遭生擒。
在发生挟持人质事件３天之内，俄罗斯当局采取断然措施，迅速予以化解，从而避免了一场有可能愈演愈烈的人道灾难，甚至是一场潜在的政治和社会危机。在解救行动中，共有１００多名人质不幸丧生，这是令人非常遗憾的。但从全局着眼，我们必须承认，这是一次相当成功的反恐行动。
此次莫斯科人质危机中，普京总统态度鲜明、立场坚定，坚持不向恐怖分子妥协，要求强力部门在最大限度保证人质安全的同时坚决消灭恐怖分子。在恐怖分子开始枪杀人质后，俄高层迅速定下动武决心，果断下令特种部队按预案营救人质。
普京总统２００２年１０月２６日向全国发表电视讲话，高度评价强力部门在解救行动中的工作，称“做了几乎不可能做到的事情”，同时，对未能救出所有的人表示歉意，“希望死难者的家人和朋友原谅我们”。总统坚定地表示，“我们以行动证明，任何人都无法使俄罗斯屈服。”“恐怖分子只有死路一条，而我们前途无量！”面对恐怖主义分子直捣莫斯科的政治威胁，普京强调，“我们不能允许事件朝消极的方向发展，或向挑衅屈服”。
