杜鲁门向广岛投掷原子弹至少有三个原因。首先，研制这武器出来，就是预期要使用它的。原来首要的目标是纳粹，但当德国人在1945年5月投降之后，目标自然就变成了日本。1945年初惨烈的战斗中，美军在太平洋战场上的伤亡数量在几个月的时间里比过去三年还多，鉴于这种情况，杜鲁门要做出不使用原子弹的决定倒是更困难了。第二，计划中1945年末登陆日本本土的作战代价太大了。使用原子弹会减少甚至消除美国人付出的鲜血代价。第三则是一个明显的外交目标。斯大林在雅尔塔许诺要在对德作战结束之后三个月——也就是说在8月的某个时候——进攻日本在满洲的据点。在1945年初苏联答应进攻日本，美国官员会觉得如释重负。但到了当年仲夏时节，杜鲁门和贝尔纳斯就不再想让斯大林的军队距离日本太近了。1945年8月8日，苏联人对日宣战，并且攻进了满洲。第二天，另一颗原子弹就摧毁了长崎市。如果说投掷第一颗原子弹有其理由的话，那么后来的观察家很少能发现第二次使用原子弹有什么道理。勉强说得上是道理的无非一是杜鲁门并没有阻止投掷（后来他的确下令没有他的特别指令不允许再投掷），再就是在美国最高官员看来，由于苏联对满洲的进攻，日本必须马上向美国人投降才行。
1945年8月10日，天皇制服了军队，日本开始了和平谈判。在美国空军另外多次猛烈的常规空袭夺走数千名东京市民的生命之后，东京和华盛顿在8月14至15日签订了若干投降条款。如果按照史汀生力主的做法，杜鲁门早一些宣布可以保留日本天皇（但要去除其神圣地位），这些条款本可以早些达成。但是，贝尔纳斯警告说如果杜鲁门做出这样的妥协，美国人民会咒骂他。最终总统还是接受了保留天皇的做法。既然美国人已经做出这种表态，加上苏联在8月8日的对日宣战，天皇和他的顾问们就确信还是趁早媾和为妙，因为他们所恐惧的情况莫过于：如果战争继续下去，其宿敌俄国就会用军队把共产主义体制强加于日本列岛。苏联军队从未能踏足于日本各主岛之上。所以当杜鲁门拒不与俄国分享对日占领的任何实质性权力时，斯大林也只能激烈而徒劳地抗议了。
杜鲁门放言称：原子弹“是历史上最伟大的事物”。他并没有为使用原子弹而感到内疚。这位总统向记者解释的时候提到“对珍珠港理无可恕的攻击”，他说：“当你和野兽打交道的时候，你必须当把它当作野兽来对待。”（但是，在他临终之时的1972年，杜鲁门看起来在解释为什么下令投掷原子弹这个问题上很烦扰。这是个挥之不去的幽灵。） 8月19日，李海海军上将在向全国的广播中宣布，美国拥有实力超过任何现有其他两国舰队总和的海军、世界上装备最好的地面部队、“最大的和最有效率的空军”，以及“英国盟友，此外还掌握了世界上最可怕的武器的秘密。”很明显，美国人在二战结束时手里握着最好的一把牌。当月，国务卿贝尔纳斯公开宣布了在这轮牌局中美国的筹码。
他开宗明义地说道：“我们的国际政策和国内政策是不可分割的。我们的对外关系不可避免地会影响到美国的就业，而美国的繁荣和萧条也会不可避免地影响到我们同世界上其他国家的关系。”贝尔纳斯表述了他的一个“确凿无疑的信念，即持久的世界和平不能建立在排他性经济集团和……经济战争的基础之上。”他特别警告说：“在许多国家……我们的政治和经济信条与拒绝这两个原则的意识形态是有冲突的。”贝尔纳斯下结论说：“只要我们把我们国内的事做好，我们就能使得世界上每个地方都皈依我们的信条。” 约翰·温斯洛普（John Winthrop）300年前在马萨诸塞湾也曾表述过这样的意思。但只有到了现在，当温斯洛普所谓的山巅之城工业化、国际化了，而且手握原子弹了，这种意思才能被说得如此清楚。
