璞鼎查爵士完成外交使命之前，还必须理清《南京条约》遗留下来的悬而未决的问题。和平协定至少有4份补充文件：对第二款进行增补的关于过境关税的声明；增补第十款的关于自由贸易的声明；《五口通商章程及海关税则》以及《虎门条约》。谈判和签署这些协议耗费了数月时间；谈判从1843年元旦开始，直到10月8日《虎门条约》签署方告结束。中国舆论极其仇视外国人所强加的屈辱，把《南京条约》与其他条约一道视为“不平等条约”，既不公正，也未得到人民的认可，不具备任何法律效力。从国际法上说，这种观点站不住脚，而历届中国政府虽然坚持这一立场，实际上却忠实履行了条约义务。外国政府作为这些条约的受益者，逐步重议了条约的条款，到第二次世界大战结束时，除了大陆上的九龙新界租约外，所有外国租约和特权都已废除。
然而，北京和台湾都坚持认为，香港地区的3个部分均为中国领土合法的、不可分割的组成部分，只是偶然地由英国人管治，但绝非英国的殖民地。
126
1843年时，英国政府确实希望与中国达成稳妥、持久的和解。在野的布鲁厄姆勋爵要求“不惜一切代价 与那个伟大而强盛的帝国恢复真诚和友善的谅解，而非表面的和平”，海军大臣哈丁顿勋爵保证政府将做到这一点。44
经过长时间的认真磋商，双方以冷静、合理的态度在虎门达成了协定，进一步充实了《南京条约》。英国商人愤怒指责这些条款，这充分说明它们并非单方面的。只要对条约的要点稍加审视便不难发现，双方的讨论始终是有条不紊的，这使得双方能够达成真正的谅解。璞鼎查一开始就表明了自己的立场，1842年12月10日他写道：“我认为自己是从这两个帝国的仲裁者的角度看问题 所有的贸易协定只要能够达成，就应当是互利的。”
璞鼎查爵士在南京一味坚决执行上司的指令（香港问题除外），拒绝做出任何实质性让步，虽然为了顾全中国人的面子，他在某些问题上也有所退让。日后的事实表明，这些问题的重要性超出了他当初所意识到的。最重要的一点，是未能确保向北京派驻代表，这个问题以及中国拒绝外国人进入广州城，将成为1856年第二次英中战争的导火索。璞鼎查爵士在虎门的任务要复杂得多，而且面对的是以老谋深算的外交家耆英为首的代表团，耆英的助手是具有出色金融专业知识的汉人布政使黄恩彤、广东巡抚祁贡、户部文芳。璞鼎查并非与如此干练而出色的对手谈判一项专业性很强的贸易协定的合适人选。1841年12月，璞鼎查致信马儒翰，表示自己不懂这方面的事务：“我首先必须承认，虽然我身为首席商务监督，但对贸易以及适宜的关税可说是一无所知”。45
璞鼎查首先寻求建立一种长期而有序的体制，这正是一个行伍出身、讲求实际的人所能做出的贡献。
127
《南京条约》文本璞鼎查坚持认为，应当以公平的税率固定征收海关税，确保有合理的部分返还中国政府。英国派驻各通商口岸的领事，将监督“关税及其他收费的定期缴纳，对各种弊端起到防微杜渐的作用，并且彻底禁绝走私”。46
英国商人本来期望监管会变得更宽松，当他们逐渐认识到这一条款的后果：中国海关缉私艇以及日后难以贿赂的官员，他们视之为对其利益的背叛，在此后两代人的时间里，英国商人一直鼓噪要修改这项条款。
任何谈判者在开始谈判时，都会抱定一系列基本明确的目标，这些目标的实现取决于谈判者的个人倾向以及他们是否成功地争取了对方。倘若双方谈判者向上司汇报时虚夸自己的成果，情况就变得较为复杂。如果谈判又遇到翻译造成的误解，那么从某种程度上说，谈判注定难以取得令人满意的结果。南京和虎门的谈判就出现了上述情形，而且是在最为重要的香港地位问题上。《南京条约》中关于香港问题的条款如下：
