1939年9月，第二次世界大战爆发。年底，蒋介石掀起第一次反共高潮，令胡宗南部队向陕甘宁边区发动进攻……这一切，使得一直靠拉共产党对抗国民党的盛世才，感到自己的羽翼已经丰满，有机可乘，政治态度变得强硬起来。在迪化乃至全疆，反苏反共的空气日趋浓烈。
在陈潭秋接任中共驻新疆代表，主持八路军驻新疆办事处工作后，曾多次约会盛世才。盛世才总是借口忙，予以拒绝。陈潭秋敏感地意识到，新疆上空已经乌云滚滚，一场突然袭来的暴风雨将不可避免。鉴于“新兵营”的学习已经基本结束，同志们强烈要求奔赴抗日前线，为预防不测，陈潭秋立即报请党中央，尽快将这些同志送回延安。1940年2月5日，300多位“新兵营”官兵历经艰辛，胜利地回到党中央的怀抱。
就在这时，在苏联学习、养病的毛泽民离开莫斯科回到迪化。临行前，在中国党校学习的杨至成等几位红军老战友都劝毛泽民回延安。毛泽民谢绝了同志们的好意。他深知自己的影响和肩上的责任。义无反顾地踏上返回新疆的行程。
回到迪化后，毛泽民一方面立即展开建设新新疆的蓝图，把在苏联学到的先进经验，尽可能多地用于新疆的经济建设，造福各族人民，一方面也更加关注时局，关心中共在新人员的安危。他和陈潭秋送走了一批又一批自己的同志和党外民主人士，而他们自己却在险恶的环境中毫不畏惧地坚守着。
1941年6月，苏德战争爆发后，蒋介石加紧了夺取新疆的进程，并采取软硬兼施的办法逼盛世才就范。他首先令胡宗南部接替马家军的防务，用武力威胁新疆，随后又三次召见盛世才驻重庆代表张元夫，提出谈判的条件。
而此时，世界反法西斯战争和中国的抗日战争都处在异常艰苦的阶段。一向标榜“国际问题看莫斯科，国内问题看延安”的盛世才，认为“苏联靠不住了”，“中共也要垮台了”，于是，更加快了反苏反共、投靠蒋介石的步伐。他先是借口毛泽民身体不好，需要半休，将他调离了财政厅，改任民政厅代理厅长；后又在新疆炮制了一系列所谓“阴谋暴动案”的同时，加紧特务活动，将反共矛头首先指向毛泽民。
