人们现在一提起熊猫，一般指的都是大熊猫。大熊猫在其产地原来的名字叫花熊、竹熊。的确，大熊猫的体形看上去很像熊，而不像猫，只是脸部有点儿像猫，有人认为大猫熊才是准确的叫法，虽然很少有人那么叫了。《辞海》直到上一版仍以“大猫熊”为正名，到1999年版才改成“大熊猫”。有人认为这个叫法是以讹传讹。有一个流传很广的故事说，熊猫本来叫猫熊，上世纪40年代四川展出大熊猫时，标注的名称就是“猫熊”，按科技界的习惯从左往右写。但当时人们的习惯是从右往左读，于是被读成了“熊猫”，这个错误的名字从此传开了。
这则逸事虽然很有趣，但肯定是编造的。实际上，1915年出版的《中华大字典》、1938年出版的旧《辞海》，都已经收了“熊猫”的词条，足以证明“熊猫”一词才是正名。只不过，《中华大字典》指的是小熊猫，旧《辞海》指的是大熊猫。“熊猫”一词很可能一开始指的是小熊猫，小熊猫的大小、形态也的确像猫。以后因为大熊猫被认为是小熊猫的近亲，于是也跟着被叫成熊猫了。
英文中也存在类似的情况。英文的panda最初指的是小熊猫，这个叫法可能源自尼泊尔语。英文也把小熊猫叫做“bearcat”，这显然是中文“熊猫”叫法的由来。而西方人在1869年首次见到大熊猫时，把它叫做“杂色熊”，归为熊科。到了20世纪初，动物学家发现大熊猫和小熊猫有一些相似之处：它们有相同的栖息地，都是少有的以竹子为主食的哺乳动物，而且前肢都有六个指头，多出来的“假拇指”其实是一节腕骨延长变成的，用以握住竹子。因此二者被认为是近亲，大熊猫也跟着改名panda，并加上“大”、“小”以示区别。
小熊猫长得很像浣熊，早在1825年就已被法国著名动物学家居维叶归入浣熊科。既然大熊猫被认为和小熊猫是近亲，它也就被一起归入浣熊科，被当成是一种大浣熊。但是，二者的相似性是很表面的。它们虽然都以竹子为主食，但是食用的竹子部位并不一样：小熊猫主要吃嫩叶，而大熊猫则竿、叶通吃。它们虽然都有六个指头，但是“假拇指”的构造并不一样。因此，也有动物学家认为大熊猫既不是熊也不是浣熊，应该单独给它设一个大熊猫科。
大熊猫究竟是熊、浣熊还是二者都不是？几十年来，动物学家们为此争论不休，各有各的道理。但是，虽然动物学家对大熊猫作了极为细致的解剖研究，其细致程度在食肉目哺乳动物中仅次于猫和狗，但是仍然无法确定大熊猫的归属。对动物的分类，传统上依据的是形态解剖、习性等特征的比较，这是定性的研究，带有很大程度的主观倾向，一旦碰到比较独特、没有明显近亲的物种，就不容易达成一致的意见。有没有可能对此进行客观、定量的研究呢？有的，这需要用到分子生物学方法，在分子层面上比较不同物种的蛋白质或基因的序列。
