但罗桑嘉措谋求的独立并未因此到来。利用蒙古军队消灭西藏地方政权，只不过引来了老虎打跑了狼，此后西藏地方政权落入蒙古人手中，历经固始汗及其子孙几代汗的统治，噶丹颇章政权并没有获得真正的政治权力，但在经济和宗教方面，已经奠定了格鲁派的最高地位。
雄图大略的罗桑嘉措自然不会就此长久臣服于蒙古势力，格鲁派在西藏的经济和宗教地位稳固之后，谋求独立的政治地位必然成为其最重要的目标。要实现这一目标，必须寻找到比蒙古军队更为强大的靠山。无疑，争取当时的中央王朝的支持是非常必要的，罗桑嘉措将目光转向了内地。
然而此时，内地正兵荒马乱。噶丹颇章政权建立之时，正是明王朝濒临崩溃的时期，而满清势力在关外迅速壮大。达赖、班禅师徒审时度势，决定向初兴的清朝政权递出橄榄枝，一六四二年，罗桑嘉措派使者前往沈阳。
清太宗皇太极率僧侣百官热情相迎。正在向关内推进的皇太极将西藏人的接洽看作天意，认为是上天护佑大清王朝，是入关的吉兆。为此，他还亲自对天行三跪九叩之礼。藏使在沈阳停留八个月，受到了皇太极的盛情款待，返回拉萨时，清太宗还分别给达赖、班禅大师和固始汗写了回信，赠送了厚礼。
一六四四年清军入关，顺治帝即位之后，也深感利用藏传佛教在西藏的影响力，建立政教合一的统治，对于巩固西藏边防具有非常重大的意义，因此四次派遣使臣入藏邀请达赖、班禅进京。班禅此时已经年迈，于是八年之后，五世达赖在清朝官员的陪同下，率随从三千人，浩浩荡荡自西藏启程前往内地。历时近一年左右，于一六五三年元月抵达北京，与顺治帝相会于南苑猎场，受到最高规格的隆重接待。顺治还在安定门外为他专门建造了黄寺供其居住，饮食起居一应供给周到。
五世达赖在北京停留了两个月后，以自己和从人水土不服染病为由，向顺治帝提出返回西藏，顺治帝当即允准，并赏赐厚礼，派亲王、重臣为其饯行。五月，返程中的罗桑嘉措一行到达代噶时，顺治帝还派出了朝廷官员，携带满、蒙、藏、汉四体文字的金册、金印赶到代噶，正式册封五世达赖喇嘛，自此开启了满清王朝通过册封达赖巩固其在西藏政治地位的历史。罗桑嘉措的政治理想基本实现，在西藏建立起了以达赖喇嘛为核心的政教合一的格鲁派政权。
时间流到了十七世纪后期。
五世达赖建立的政教合一政权其实暗流涌动，作为清廷在西藏驻军代表的蒙古军队势力，表面上不干涉西藏的宗教事务，事实上为了各自集团利益的斗争从来没有停止过。五世达赖罗桑嘉措晚年潜心于西藏历史研究和达赖世系传记的写作，将一应管理事务悉数托付给第巴桑结嘉措。
二十多岁的第巴桑结嘉措深沉练达，学识和修养高出同辈甚多，深得五世达赖罗桑嘉措的喜爱和信任，待他如同己出，甚至有传说说他就是五世达赖的私生子。罗桑嘉措曾先后几次请求他出任第巴，掌管西藏政务，但是桑结嘉措先后几次推辞，始终不肯就任，也许是他本身无意于政治，也许是早早看到了埋伏在平稳表象之下的暗流汹涌。直到五世达赖深感身体、精神都已经无法再过多地操劳政务，有一天关起门来与他严肃长谈之后，桑结嘉措才终于肯答应出任第巴。一六七九年，二十六岁的桑结嘉措接受五世达赖委任，正式承担起管理西藏政务的重任。
年轻的第巴桑结嘉措不干则已，一旦承担达赖重托，便全身心地投入到自己的事业中去。也许是因为他终于领会到了五世达赖打下这份基业的不易；也许是在与达赖的长谈中，坚定了决不让西藏政权旁落的决心；也许只是为了感念五世达赖罗桑嘉措的知遇之恩。不管原因是什么，人们看到的是，就任后的桑结嘉措非常强势，采取了一些列巩固西藏政教合一政权的措施，并且与当时蒙古军队统领之间的矛盾越来越尖锐。
一六八二年，西藏最伟大的政教领袖、六十六岁的五世达赖阿旺罗桑嘉措在自己修建的布达拉宫病故。此时，丹增达赖汗及其子拉藏汗在西藏的势力越来越强大，大有掌控布达拉宫之势。第巴桑结嘉措为了稳定政局，决定匿丧不发，继续利用五世达赖的威望牢牢控制西藏政局，暗中却紧锣密鼓、有条不紊地安排五世达赖转世灵童的查访、认定，并加紧培育。
仓央嘉措就是在这样的时代背景下，被推到了西藏宗教政治斗争的旋涡中心。
