但是，据蒋家在台湾的家庭牧师周联华说，经国在宗教信仰及其他问题上，都不坚持教条，不会有封闭心态。他只是“追求者”（seeker）。他自己研读《圣经》，不跟周联华或其他传教士讨论宗教问题，也仅只偶然参加做礼拜。他可以到美以美会以外的基督教会做礼拜，也可以到佛寺上香，譬如雪窦寺就是他年幼时常去的地方。
蒋经国对于三民主义青年团不能成为动员中国青年的大力量，颇有挫折感。他认为，跟他主持赣南专区一样，三青团要成功，就得靠一批廉洁、坚贞的青年干部。1943年蒋经国到重庆出席三民主义青年团第一次全国代表大会，会中他提议扩大干部训练班，成立青年干部学校，大量培养青年领袖。在父亲的赞同下，大会通过这项提案，12月间，蒋介石任命经国为中央干部学校教育长，负责筹办工作及从零开始规划课程。
蒋经国仍保留赣南行政专员职位，经常往来重庆、赣州两地。日本军机两次追逐他搭乘的飞机，不久他就把大部分时间花在重庆。王升和他在赣州的若干部属，跟随他到战时陪都重庆，进入中央干部学校当学员。1944年1月17日，日本发动“一号作战”，针对美国空军新辟建的一系列机场进袭。数天之内，日军已推进到赣州城郊，经国赶回赣州处理此一危机。情势显示赣州守不住时，他把跟政府以及他本人关系密切的人统统疏散，方良、子女和毛夫人的侍婢阿王也都撤往重庆。2月3日，山区里枪声阵阵，蒋经国搭乘DC-3飞机从他替美国人盖的机场起飞。2月5日，日军进入赣州城，已是十室九空。
扣除掉宣传和传闻的部分，蒋经国在赣南的治绩按照当时的环境条件，殊为不易。他最可观的一项成绩是推动治安，又不失地方民心。其中关键诀窍在于他个人清廉正直的官声，真正与百姓同甘苦，因此得到百姓信任他的确为民服务。上级交付的征兵员额，他可以如命达成；但是和中国绝大多数地区不同的是，在赣南农村征兵，并没有造成百姓害怕、仇恨当局的情绪。至少，在赣南没有人记恨，也没有这类的记载。
但是，撇开领导人独特的意志以及一批忠勤干部的努力不谈，在全中国要推动打造新赣南，还有其他原因，使得它困难重重，甚至寸步难行。譬如，地方上收缴的田赋，通常要上缴省政府，经国却可以保留而增添财源——这个政策其他的地方官员就无法延用。或许，他比其他同层级官吏，更有本事说服银行做低利放款。此外，经国得到省政府、中央政府的援助，也是其他行政专区专员所无法企求的。据当时在赣南工作的一位中国新闻记者说，经国得到的特殊协助包括保安队、自卫队的兵丁员额增多，宪兵、警察员额也多。此外，他可以直接指挥调度这些单位，其他的专员就没有这种权力。赣南的政府文职公务员也比其他专区多。根据一个消息来源，经国的办公室属员一百人，其他专员平均只有二十来人。中央政府特别拨款，或许蒋夫人自掏腰包协助，帮助赣州若干项目（如大型操场）的建设。
赣南经验为蒋经国的前途打下坚实的基础，他挣得干练、有活力、有创意、清廉正直的领导人之名声，具有行政及地方发展的经验，包括教育、青年工作和地方治安等工作经验。他也累积起一批可信赖的部属追随左右，当然同样也树立若干政敌！蒋经国通过在江西省经验，深刻了解到国民党的弊病——贪污腐败、派系斗争。他深入了解新兵受到的非人待遇、军队组织吃空缺等问题。他到重庆，也有助于掌握国军军中的基本问题——派系林立、割据为王、兵力不足等。他愈来愈不能相信中国共产党。他在演讲和编造口号上，能巧妙地把他重视平等、反抗既有体制的名词，与他父亲钟爱的新儒家思想结合在一起。可是，国民党内最保守的一些人士晓得经国不喜欢他们，因此以牙还牙，一再散布谣言，指控经国是苏联的秘密工具。
蒋介石这人没有真正的朋友，现在只剩下太太和儿子两个人可以信任。父子之间开始交换日记阅读——这是父子关系密切的迹象。此时，经国与继母相处上没有问题。至于纬国，并没有重要的政治角色，因此他跟蒋夫人的关系纯属家庭亲人关系。一般人认为宋美龄比较喜欢纬国，因为他英俊、儒雅，说得一口流利英语。然而，经国在孝道上也无懈可击，农历新年，他会到重庆向父母亲拜年，致敬；他穿传统长袍，进门就跪下磕头。10不过，经国在江西的生活与工作，跟他这些遵守礼仪的动作大相径庭，呈现出他不肯太死板、顽固的一面——这种平易作风在重庆、延安高级领导人当中，都相当罕见。
