唐朝大军持续在沙漠入口集结，兵容整肃。麴文泰得知消息后，这才感到了恐惧，他在忧虑中死去。世子麴智盛做了王，但他在尽力后还是打开城门投降了。实际上高昌国所依赖的还有一件事情，就是麴文泰的妹妹嫁给了西突厥可汗，说是会得到那边的援助。
太宗断然进兵西域，是为了向西域各国传达一个意思，就是像焉耆这样的同盟国会始终获得唐朝的武力保护。东突厥虽然降唐，但西突厥和唐还不是友好关系。此时唐如果对焉耆见死不救，就会眼看着西域完全成为西突厥的势力范围。
灭了高昌以后，太宗强压众议，在此设直辖领，在吐鲁番盆地以西的交河城设立安西都护府，展示了积极的姿态。
专门谏言的魏徴辩论说，高昌没有什么大物产，因此更好的选择是仍以麴智盛为王，做唐的属国。太宗平常都会听魏徴的谏言，但这次坚持了自己的意见。因为对太宗而言，把吐鲁番盆地作为直辖领，并不是为了要物产和税金。太宗考虑的是经营西域，通过那里可以开展文化交流、物资贸易等，发挥物质和精神方面的长项。
玄奘在十八年后回国，此时曾经热情招待过他的高昌国已然不在了。他和高昌国王曾有过约定，在回国途中要留在高昌，但这已无法实现了。他在贞观十九年（645）回到长安，不过此时太宗并不在宫中。因为远征高句丽，他把大本营推进到了洛阳。
西方的安西都护府在那之后也直接把焉耆编入直辖领，事情进展得非常顺利，不过唐对东方的经营就没这么顺了。
隋朝灭亡的直接原因在于远征高句丽，这是所有人都知道的。这个惨痛的历史教训仅仅发生在三十年前，重蹈覆辙会导致严重后果。朝廷中反对东征的呼声也很强烈，特别是褚遂良，更是强烈反对亲征。然而太宗下定决心亲征。
——在自己有生之年。
这种想法在太宗心里根深蒂固。被立为皇太子的晋王李治（以后的高宗）病弱，唯一长处就是温和。
要做太平的君主，温和是比较合适的，大概太宗也是这么认为的。正因如此，就得早一点处理掉国防、外交问题，再把国家交给后继者。野蛮的事情，需要尽可能地在自己这一代就收拾干净。
高句丽有个叫泉盖苏文的人杀了国王，立了国王的弟弟。此外被百济攻击的新罗也向唐朝求援。此刻，百济正联合高句丽向新罗施压。因有泉盖苏文的弑逆为口实，唐朝集结十万兵力，远征高句丽。
这次远征最终失败而归。虽攻陷了辽东城（辽宁省），但在攻打安市城（辽宁省）的时候耽误了时间，已经入了冬天，不得已退兵。高句丽派去谢罪使，但太宗再度远征之意始终不变。果然，虽然没有亲征，但太宗还是出兵了。他有很强的信念，要把该打的战争在自己这一代打完。
贞观二十三年（649）四月，因太宗之死，远征高句丽终于停止。太宗享年五十三岁。
