“理”之上为绝对，因此理的秩序（三纲、五伦、五常等）被称为超越批判的理论。
对于“君子”和“仁”，《论语》是较为随意地对个别、具体情况展开的论述。仔细考察便会发现，其中有前后矛盾之处，因此不能成为体系基础，但同时也显示了儒学的豁达与开朗。相对于此，朱子学对儒学进行了严格的总结概括，使其系统化，同时也导致儒学被束缚住了。
朱子学具有思辨主义、主知主义、道德主义、严格主义的特征，与具有战斗性的佛教和老庄思想相比，具有护教性。
孔子教之道
虽然朱子学符合了为政者的需要，但是被接受的过程也不是一帆风顺的。朱熹身为南宋官僚，难免不被卷进政治旋涡。当时南宋朝廷中，宰相赵汝愚和韩侂胄（1152—1207）分为两大派系。朱熹属赵汝愚派，他研究的学问被视为“伪学”而遭禁，其门生也遭到迫害。这就是有名的“庆元伪学之禁”。庆元为当时的年号。“伪学之禁”的解除在朱熹死后两年，是韩侂胄为赢得民心而采取的政策。朱子学逐渐被完全解禁，并传播开来。由此可见，朱子学并非一开始便是迎合为政者需要的。
朱熹对儒学作出的经典阐述，在元延祐二年（1315）被列为科举考试的指定科目。虽在蒙古族统治的元朝时期科举制度被一度废止，在此后重新登上了历史舞台。到了明代，朱熹的《四书集注》也为科举所用，朱子学的官学色彩逐渐浓厚。将学问作为立身出世的道具——这是朱熹最不齿的，但很具有讽刺性的是，他的学问却为科举所用。
明代王守仁（1472—1529）提出了理即为忍耐心的主观唯心主义体系。他号阳明，因此他的研究体系也被称为“阳明学”。朱子学为思辨式渐进思索，提高知识积累，主张“格物”，即洞悉世间万物。理学除自身外还包括外界事物。而阳明学强调“心即理”，良知存在于人的内心，应当释放出来。阳明学提倡“行知合一”，重视行动。
用佛教语言来形容，朱子学为“渐悟”式，阳明学为“顿悟”式。
阳明学与朱子学一样，都将“理”视为最高，皆为“理学”，但其实质与训诂学完全不同。朱子学在官学化后，便丧失了其精华，因此有人认为阳明学为儒学注入了新的活力。总之，作为与官学相异的阳明学，其性质是反体制的。
日本江户时代，朱子学被作为官学，阳明学者佐藤一斋（1772—1859）曾在昌平黉讲授朱子学。熊泽蕃山、大盐中斋（1793—1837）、佐久间象山（1811—1864）、吉田松阴（1830—1859），甚至西乡隆盛（1827—1877）等具有阳明学倾向的人物，都是反体制的。其中大盐中斋甚至一度掀起叛乱。热衷于王守仁《传习录》的吉田松阴，其阳明学倾向为松下村塾的弟子所传诵，在高杉晋作（1839—1867）等人的自作诗中提到：
王学振兴圣学新，
王学即王阳明学。
然而由于日本的阳明学为非官学，没有发展为明确的学派，因此大多追随者也没有自称为阳明学徒。
下面我们来回顾一下“儒”的流派。
“儒”在先史时代是以巫师、祈祷师的形式出现的。
孔子出现后，儒学成为诸子百家中最有实力的思想学派之一，儒教被认可时可以称之为“原始儒教”。
进入汉代，“儒”在为政者的保护下，成为国教，之后朝着“训诂儒教”的方向发展。
到了宋代，“儒”朝着系统化方向发展，朱熹为系统化的集大成者，当时为“思辨儒教”。
在整个发展过程中，未曾出现过实质性中断。无论是训诂儒学还是思辨儒学，都继承了先史时代原始儒教的祭祀制度。
对鬼神敬而远之的原始儒教时代，脱离了充满鬼神的太古世界，进入了人性世界，虽然与鬼神保持了距离，但并没有放弃对鬼神的敬仰。孔子所重视的礼乐就是为祭祀而定的制度。
训诂儒教致力于本质性地、正确地继承和传播儒学，对于祭祀自然是精心地诠释和传承。
思辨儒教提出“理”为绝对，而“理”的内容中也包含哲理。礼乐的表现形式祭祀也是备受重视。
尧、舜、禹、汤、文王、武王、周公以及孔子，皆为圣人，被视为绝对。其中周公之前的人物都处于传说时代，圣人像不清晰。如，尧与舜便极其相似。禹之后出现了世袭王朝，形象也大致相同。武王继承了文王所创下的业绩，灭殷后建立了周王朝。文王在周朝建立之前去世。武王高举文王的牌位攻陷了殷。周王朝创立后，武王之弟周公制定了文物制度。因此可以说，周王朝是由文王、武王和周公三人所创立的。
圣人中，唯有孔子既非天子，又非王朝创建者或有功之人。并且距离现在时代最近，又留有著作，因此他的形象最为清晰。朱子学标榜“回归孔子”，将儒学的中心由原来的五经改为四书，便是其回归的环节之一。
诗、书、易、春秋、礼、乐为六经，诗、书、易又称《诗经》、《书经》、《易经》。秦始皇焚书时，《乐经》亡佚，汉武帝时期曾设有五经博士。称《周礼》、《礼记》为礼，因此“六经”一词一直沿用。
《礼记》中有《大学》、《中庸》两个篇章，自六朝起，对这两个篇章单独作注，逐渐成为了单独的书名。宋代后与《论语》、《孟子》合称“四书”。
五经是由孔子编集而成，其内容并非孔子个人的言论。《论语》主要是记载孔子的主张言论。《孟子》是另一位儒学哲人的言论。与五经相比，朱熹更重视四书，这反映了对孔子及其继承者的重视。朱熹著有《四书章句集注》，因此朱子学又被称为“孔子教”。
孔子为圣人之一，但较之圣人系谱中周公之前的诸位圣人却大不相同。周公之前的圣人“遥不可及”，称他们为圣人，是出自孔子之口。与形象模糊的圣人群相比，孔子才是“圣人中的圣人”。在朱熹看来，孔子是绝对存在的。
