麹文泰虽去过长安，却未能洞察唐朝的国力，也没能看出唐太宗的贤明之处。
而唐太宗此时已下定决心要讨伐高昌。
问罪使李道裕归国后，向唐太宗奏报于高昌国王的意向。但唐太宗仍对麹文泰的反悔抱有期待，他又派人送信到高昌，试图说服麹文泰认清时局，并邀请他来长安会面。只要高昌国王愿意前来，一切既往不咎，关于通商路线也可细细商讨。唐太宗的意图应当是这样的吧。即使恢复西域北道，经由高昌的所谓“伊吾道”也并不需废弃不用，因为有两条通道也不嫌多。
然而麹文泰收到唐太宗的亲笔信后，却假托生病拒绝入唐。
在唐朝看来，如此仁至义尽，高昌却丝毫不为所动，最后剩下的只有行使强硬手段这个办法。以唐太宗的性格，不行动则已，一旦行动就绝不容许半途而废。
派遣问罪使的那一年，即贞观十三年十二月，吏部尚书（内务大臣）侯君集被任命为交河行军大总管。交河是吐鲁番盆地的河流名称，这个职位也就是讨伐高昌的大军统帅之一。副总管兼左屯卫大将军由薛万均担任。共动员数万兵力，远征所需的辎重运输人员更倍于这个数字。
有大臣反对这场漫长远征，也有人认为攻下高昌容易，但长期守卫必定得不偿失。就像《贞观政要》所记录的那样，唐太宗善于倾听群臣的谏言和建议。然而这一次，对反对远征高昌的谏言，唐太宗并未理会。
当麹文泰得知唐朝大军已抵达碛口时，这才惶恐起来。史书中写道
——忧惧不知所为，发疾卒。
麹文泰之子智盛被立为高昌国王，这是贞观十四年（640）五月的事。
当麹文泰病死的消息传来时，唐军已逼近一个叫柳谷的地方。
关于葬礼的日期和时辰，唐军的情报人员已获知。有人进言道
——国葬之时，全体国人聚集，不妨乘机攻打。
大总管侯君集却摇头道
——不成。天子派我前来讨伐，为的是惩戒高昌的无礼。问罪之军如何能够乘人之危？
唐朝大军就这样抵达了高昌城。
高昌城的命运已如风中之烛。被高昌寄予厚望的西突厥这时只是看在同盟的面子上，把军队进驻到距交河城三百七十里的可汗浮图城，从那里声援高昌。而且只是“声”援而已。当时西突厥与唐朝的关系并不算太坏，为向唐朝表示友好的姿态，西突厥甚至把大量在隋末动乱时期掳掠至西域的汉人送还中土。更大的原因是，西突厥内部正进行权力斗争，没有余力与唐朝决战。
唐军一旦逼近，可汗浮图城的驻军干脆束手就擒，也算对高昌尽了同盟国的义务。
高昌国的新国王麹智盛眼看大势已去，只好打开城门投降。
高昌国从第一代国王麹嘉开始至第九代灭亡，前后共一百三十四年。
降服唐军的高昌国官员们作为俘虏被带到长安。麹智盛则被授予左武卫将军，封金城郡公，王弟麹智湛被授封为右武卫中郎将兼天山郡公。
有的大臣向唐玄宗进言，建议朝廷将罪过归于已经死去的麹文泰，拥立其子并保全高昌国。魏徵即其中一人。因为若要把高昌归为直辖领土，至少需要千余人的常备军驻守，每隔数年还得另派军队换防，财政负担实在太大。
可是唐太宗没有接受建议。
高昌国成为唐朝的西州，可汗浮图城一带则设置庭州，依照唐制，州下又分别设县。
新设的安西都护府虽然后来迁移至别处，但最初是在交河城，军队就驻扎在那里。
玄奘在《大唐西域记》中写作“高昌故地”，是因为当时高昌国已经灭亡，当地成为唐朝的领地，形式上已经没有高昌这个地名了。然而西州的叫法尚未普及，一般说来还是称之为高昌更加通用，于是又特意在“高昌”之前加上“故地”二字，以示区别。
魏徵等重臣都主张把高昌作为属国间接统治，然而唐太宗力排众议，明知困难重重，但还是选择直接统治。由此可见唐太宗的信心以及抱负之远大，他的目标是建立世界规模的唐帝国。
合并高昌之后，唐太宗又活了九年。这九年中，西域诸国纷纷顺服唐朝。这样一来，唐朝统治西域的据点设在吐鲁番盆地位置显得过于偏东。到了唐太宗之后的唐高宗时代，安西都护府被迁到了更西方的龟兹一带。
唐高宗时期，突厥系部族发生叛乱，唐朝的讨伐使西突厥也降服唐朝。西突厥的势力范围包括帕米尔以西至犍陀罗一带。
也就是说唐朝在全盛时期支配着比现在的中国更加广阔的领土。唐朝的不断西进并非只是向着无人的荒野。在西方，也有一股强大的势力开始向东扩张。
穆罕默德于570年出生于麦加，时间相当于中国的南北朝末期，正当隋朝统一中国的前夜。穆罕默德得到安拉的启示，创立了伊斯兰教，并因此受到迫害，不得不逃往麦地那，此后以麦地那为据点开始新的传教活动。伊斯兰教历把这一年，即626年定为纪元元年。阿拉伯语中“迁徙”叫做Hijra（希吉来），日文中多译为Hejira。伊斯兰教历就被称为回历或希吉来历。
希吉来历元年正好与唐高祖李渊让位给儿子唐太宗李世民是在同一年。翌年唐朝改元为贞观元年。如前所述，玄奘离开长安朝着天竺出发的时间也以“贞观元年说”最为有力。
穆罕默德收复麦加是在他去世前两年，即630年。
唐朝收集外界信息的能力不论多么发达，大概也难了解到，在阿拉伯半岛正展开着一场新的宗教运动。就算来自西方的队商人员带来零星的消息，在当时大概也无法从中把握到这场新兴宗教运动的意义。
632年穆罕默德临终之前，曾在他病中代为执行政务，也是最受信赖的弟子艾卜·伯克尔继承了教团领袖的地位。教团领袖被称为“哈里发”，有人将之译成“教皇”，但在阿拉伯语中是“后继者”之意。同为教团领袖，穆罕默德是“预言者”而非后继者，而艾卜·伯克尔为第一代哈里发。
第一代哈里发在位前后不过三年时间里，平定了阿拉伯，并出兵萨珊王朝统治下的伊朗。
第二代哈里发欧麦尔，亲自远征巴勒斯坦，占领了耶路撒冷。那是637年的事。伊斯兰军在乃哈万德击破萨珊王朝的军队，成功占领伊朗，时为642年。唐朝吞并高昌是此前两年的事。
第二代哈里发欧麦尔不但攻下萨珊王朝统治下的伊朗，还出兵夺取了东罗马帝国支配下的埃及。
这是惊天动地的大事件。
惨遭失败的萨珊王朝和东罗马帝国几乎无法相信眼前发生的一切。
对伊朗、东罗马帝国来说，阿拉伯只是一块蛮荒之地。在文明古国的伊朗人和罗马人看来，那些在沙漠中争斗不休的阿拉伯人与自己根本不属于同等人种。说得极端一些，在那些居住在亚历山大和巴格达的文明人眼中，阿拉伯人与野兽并无二致。
虽为同一片土地上的居民，阿拉伯的不同部族之间却总是展开着血腥的争斗。他们是一群肉体强壮、目不识丁且不通情理的人。在外人看来，这些人超越部族的隔阂团结在一起，简直就是一场奇迹。
然而这奇迹发生了。
是穆罕默德倡导的伊斯兰教创造了这个奇迹。
