1856年出狱，松阴即创办松下村塾，他在《松下村塾记》中说：萩镇的未来将从松本村开始。事实上，可以说日本的未来将从这里开始。他收授的学生从9岁到35岁不等，而且还收留不良少年，如村民十分嫌恶的市之进、音三郎、沟三郎等人为门生。在他的学生名单中有木户孝允、高杉晋作、伊藤博文、山县有朋、久坂玄瑞、吉田稔磨。
留给吉田松阴的时间并不长，三年后他再度下狱。这一次他未能逃出生天，他的遗作《留魂录》里记录了他对自己最后的总结：“我年至三十而结果，并与世长辞。我不晓得自己是一颗无实的稻壳，还是一粒成熟的稻米。如果同志们能继承我的微衷，那就像播下的种子，年年能结实，到了收获之年将无愧于心。同志请仔细想想我的话吧。”
三年时间能做什么？吉田松阴的做法看起来相当浪漫，或者说相当田园，他和门生们一起住，一起吃，一起耕田，当然更重要的是一起讨论天下大势、道德文章。他像一道闪电一般激起了他的追随者们的光芒。
1859年10月27日，吉田松阴被押到千住小原刑场斩首。
自愿赴死的人流下的第一滴血，总会激起后来者无限的悲愤与激情。一直到1898年，30年后的北京，才有另一名中国儒士，在即将面临的斩首台前静静地说：“各国变法无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。”
吉田播下的种子开始生根发芽，其门生们在明治维新中的表现众所周知，有37名学生参加了开国维新，得到过开国勋章。事实上，高杉、久坂均先后在血雨腥风的中途倒下。但山县有朋、伊藤博文则将松阴未竟之业推向更远的地方。池田大作因而评论称其“在门生身上培育起的这种改革时代的觉悟，不久转为使命感这样一棵大树，耸立于世，并成为改变日本历史的一个巨大力量。”
这一年，仕途失意的李鸿章来到建昌投奔曾国藩。此时49岁的曾国藩即将开始人生的巅峰时期，他率领的湘军攻占了九江，其后与太平军搏杀8年。被称为“修身齐家治国中华千古第一完人”的曾国藩是那时的精神领袖，其一生致力结交、网罗、培育、推荐和使用人才，他的幕府是中国历史上规模和作用最大的幕府，其麾下既有李鸿章、左宗棠、郭嵩焘、彭玉麟、李瀚章这样的谋略作战军需人才，也有像俞樾、李善兰、华蘅芳、徐寿等第一流的学者和科学家。
将29岁时失败的吉田松阴与49岁全盛时期的曾国藩相比较，会发现二者在传统道德、精神坚持方面颇为接近。但吉田松阴拼命登上美国船只的向外精神，则是曾国藩之所未有的。吉田松阴未能前往美国，当然是其一生之遗憾，但即使在乡下村塾中，他亦有一本叫做《飞耳长目》的笔记录。记载着从朋友处听来的话，来自京都商人讲述的见闻以及全国各地学生带回的消息等。他的学生木户孝允、高杉晋作、伊藤博文后来皆游历各国，学日本未有之道，成日本未有之业。曾国藩则对李鸿章耳提面命，在政坛沙场历练相当之久后，才派李鸿章独立功勋，中学为体，西学为用的思路亦一脉传承。
从一开始，就注定了结局。
在战争正式开展之前，一个超越时代的先行者已经在思维的纬度中对另一个国度开始了征伐。战争从这一刻已经开始，那颗种子不仅仅意味着自强，也意味着扩张。从教育者的第一滴血落下始，后继者的命题就在于沿着前人
开的血路前行，中国从那一刻起，就成为日本思想界、政界、军界，乃至民间最理想的对手。
