朱由检与周后一起由清廷用柳木棺成殓，寄于寺庙，后被农民军葬在昌平普通墓地里。清朝多尔衮入关后，下令以皇礼安葬朱由检，并允许明朝遗老遗少哭临祭奠。祭奠完后，遗老遗少们决定将朱由检夫妻殡入田贵妃的陵墓。一计算，开掘墓道、建立碑亭，需要大约三千多两白银。清廷只同意从十三陵陵租中拨给1500两，其余由曹化淳等前明太监和明朝遗老遗少自筹。朱由检毕竟是前朝的皇帝，清朝官府对他的葬礼并没多放在心上。曹化淳多次上奏催促，多尔衮也数次责成有司速速完工。一直拖到1644年11月29日，开掘墓道的工作方才开始，年底，墓道修好，田妃陵墓被打开。好在陵墓里原来安放田贵妃棺柩的陵床非常宽大，还可以放下朱由检和周皇后的两具棺柩。于是田贵妃的陵墓就成了安葬明朝末代皇帝的思陵。思陵是安放着一皇一后一妃，并非预定帝陵的独特皇陵。朱由检安葬当天，清朝“令臣民为服丧三日”。
朱由检先是被追谥为“怀宗”，后清朝又改谥他为“庄烈帝”。以明朝正朔自居的南明各朝对朱由检追谥各异，弘光年间谥他为“绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝”，庙号思宗，后改为毅宗；唐王谥为威宗，现在一般称呼朱由检为明思宗崇祯皇帝。
