崇祯十七年（1644年），沙尘暴在北京城的大街小巷呼啸肆虐。时人描写道：“飞沙咫尺不见，日无光。”当时的许多官员都精通天象，以为这是不祥之兆。有官员占卜一卦，卦文上说，将有暴兵破城之灾。没几日，凤阳祖陵发生了地震，人们的心头更加不安了。
正月初九，兵部收到已经称帝的李自成派人送来的文书。李自成宣称，如果明朝不同意对他裂土而治，让他和崇祯帝平起平坐，农民军就要对北京城发动总攻。
朱由检断然拒绝了李自成的最后通牒。从新年开始，朱由检就心急如焚，寝食难安。他想抽调辽东军队救援北京，又不想放弃东北地区给清军；他想迁都南京，但又害怕承担丧失北方领土的罪责。所以只好坐守北京孤城了，但是怎么守呢？朱由检无助、愤怒、疲惫，进而暴虐胡来。一次上朝时，朱由检向大臣们吐露了心声：“朕非亡国之君，事事乃亡国之象，祖宗栉风沐雨之天下，一朝失之，将何面目见于地下？朕愿督师，以决一战，即身死沙场亦所不顾，但死不瞑目。”
崇祯朝的大臣们没比朱由检好到什么地方去，但也没有坏到家，群臣也害怕承担放弃领土的罪责，又不敢主动提出建议，瞻前顾后，坐视农民军将北京城围得水泄不通。农民军对北京城完成合围那天，“黄沙障天，忽而凄风苦雨，良久，冰雹雷电交至，人情愈加惶惑”。
朱由检在生命的最后几个月一直在思考，自己勤政图治十多年，怎么还是落入了走投无路的困境。朱由检登基伊始的巨大成功促使混沌已久的明朝政治一时清新，臣民仰望。人们都认为出现了难得的圣主，但朱由检的运气实在是不好，他继承的天下是一个危机四伏的天下。崇祯初年，西北发生特大旱灾，庄稼颗粒无收，人民流离失所，饿殍遍野，陕西甚至发生了人相食的惨剧。官府非但不予救恤，还催租逼税，筹措改革的资金，结果逼反了灾民。安塞人高迎祥号称“闯王”，最先打出了反明的旗帜。不久，张献忠在米脂起义，响应高迎祥。高迎祥牺牲后，李自成称为新“闯王”，聚集刘宗敏、田见秀、郝摇旗等战将，成了明朝内部的大患。朱由检自幼生长在深宫，不了解战场排兵布阵、杀伐攻略。他凭着中兴的决心和必胜的信心，频繁指挥战事，就差亲自披挂上阵。结果农民军非但没有剿灭，反而越剿越多。
屋漏偏逢连阴雨。在国内农民起义四起的同时，明朝的东北边境外兴起了更加强大的后金。后金蓬勃兴起后，频繁侵略明朝北方地区。崇祯初年，东北局势全赖辽东巡抚袁崇焕勉力维持。崇祯三年，已建立清朝的皇太极使用一条并不高明的反间计，诬陷袁崇焕通敌，图谋与后金灭明后平分天下。多疑性急的朱由检不辨真假，随即将袁崇焕逮捕下狱，凌迟处死。袁崇焕死后，东北边防江河日下，形势危急。1641年，明朝和后金在辽东地区展开了最后的决战。这一年4月，清兵围攻锦州城。明蓟辽总督洪承畴率八部总兵计13万人救援。当年夏，明军在决战中大败，洪承畴率残部退入松山。1642年2月，松山被攻陷，洪承畴降清；第二个月，锦州失陷，总兵祖大寿投降。松锦之役后，不仅明朝东北主力尽失，元气也大伤。
朱由检又是一阵悲天悯人。大胜后的清朝在1643年完成了权力交替，皇太极的儿子福临即位，年号顺治，睿亲王多尔衮辅政。清朝上下壮志勃勃地将目光投向了中原。半年之后的1644年，李自成在西安建国称王，建立大顺国，年号永昌。同年，张献忠在四川称王，国号大西，年号大顺。1644年2月，李自成率军渡河北伐，取道山西，一路势如破竹，由居庸关直逼北京。一个月后，朱由检在北京城就听到农民军的炮声了。
不恰当的皇帝和久病的王朝结合的后果现在终于显现出来了。3月18日，农民军对北京发起总攻。一夜之间，北京外城被攻破。19日，闯王李自成率军从承天门进入北京城。
