神经系统的健康，包括大脑、脊髓、脊柱、脑神经和自主神经功能，主要地取决于血液的质量。血液由血浆（淡黄色的透明液体）和血细胞组成。血浆的成份是水、血浆蛋白质、矿物盐、激素、维生素、营养物质、有机废物、抗体和气体组成。血细胞有三种，分别是：白细胞（白血球）、红细胞（红血球）和血小板（凝血细胞）。任何的血液的反常改变都会影响神经系统及身体的其它部分。
三种血细胞都是在红骨髓中形成的，而红骨骼的营养物质是由消化系统供应维持的。肝胆结石妨碍食物的正常消化和吸收，使血浆充满过量的废物并使红骨髓的营养供应减少。随之引起血细胞成份的平衡被打乱、激素路径受阻和神经系统的不正常反应。多数影响神经系统的疾病都是来源于形成不当的血液，正是由功能失调的肝脏和随之产生并堆积在肠道的废物造成的。
肝脏的每一个功能都对神经系统有直接的影响，特别中对于大脑来说。肝细胞把肝醣（肝复糖）转化为葡萄糖、氧和水份，这些对神经系统来说是最重要的营养物质。葡萄糖满足了系统大部分的能源需求。
虽然脑组织的重量只占体重的五分之一，含有全身大约五分之一的血量。但它使用了大量的葡萄糖。肝胆结石让脑组织及神经系统其余部分的葡萄糖供应大幅减少。随之，影响器官功能、感觉和记忆。在神经功能失调早期，人可能会产生对食物的渴望，尤其是甜的或淀粉食物，以及经历频繁的心情起伏不定或情绪压力。
肝胆结石还会引起其他更严重的问题。肝脏合成血浆蛋白质和来自于氨基酸库的绝大多数凝血因子。肝胆管结石的出现逐渐地妨碍这个重要功能。当凝结因子的产量下降，血小板数量也随之降低，机体可能会发生自发性的毛细血管出血或出血性疾病。如果在脑中发生出血，它可能会引起脑组织的破坏、瘫痪或死亡。出血的严重性可能由各种不同的触发因素决定，如高血压、酗酒。当新细胞的生成速度赶不上对被破坏或衰弱细胞的破坏速度，血小板计数也会随之下降；这发生在当胆结石切断肝细胞的血液供应时。
维生素K是合成重要的凝结因子另外一个不可缺少的元素。它是一种在储存在肝脏中的脂溶性维生素。机体需要随胆汁分泌的胆盐来吸收肠中的脂肪。肝结石和胆囊结石阻碍了正常的胆汁流动，使脂肪吸收量不充分，随之造成维生素K的缺乏。
如先前讨论过的，肝胆结石能导致血管系统的功能下降。当血液经受改变并变得过于浓稠，血管会开始硬化并受到破坏。如果在受伤的动脉中形成血凝块，一块血凝块（血栓）可能会嵌入离伤口较远的小动脉中并阻碍血液流动，引起局部缺血和梗塞。在脑动脉中发生的梗塞，称为脑中风。
所有循环系统的干扰因素都会对脑组织及神经系统的其他部分造成影响。肝功能的破坏尤其会对星形细胞-组成中央神经系统主要支持组织的细胞产生影响。这种情况出现以神气呆滞、定向障碍、脑雾、精神错乱、肌肉僵直和昏迷为特点。含氮的细菌废物在结肠里被吸收，没有经过肝脏的消毒，可经由血到达脑细胞中。其他像氨这样的新陈代谢废物，可能达到毒性浓度并改变脑血管的渗透性，如此便减低了脑血屏障作用。这可能允许不同的有害物质进入脑组织内并引起进一步的损害。如果大量脑神经细胞不再接收到充足的营养，会引起神经组织的萎缩，导致痴呆症或老人痴呆症的发生。当一种负责产生脑激素及脑神经递质多巴胺的特定神经细胞营养不良，将会发生帕金森氏症。反复的暴露在外环境或内环境中产生的毒素物质中也负有一定的责任。
多发性硬化（MS）发生在，当制造髓鞘脂（一种在大多数神经细胞轴突周围的脂肪鞘）的细胞遭受营养不良和淋巴液不足时。髓鞘脂减少时，神经细胞轴突会受到伤害。MS患者总是会受到进行性加重的大肠阻塞；这阻碍了营养的适当吸收。清洗排泄器官并改善营养是阻止及逆转MS的最有力方法之一。
肝脏控制全身脂肪的消化、吸收和新陈代谢。胆结石妨碍脂肪的新陈代谢并影响血液里的胆固醇水平。胆固醇是我们全身细胞的重要组成部分且每一个新陈代谢的过程都需要它的参与。我们的脑组织中由超过10%的纯胆固醇组成（脱水时）。胆固醇对脑发育和脑功能来说非常重要。它保护神经免于损伤或侵害。血液中的脂肪不平衡能够深深地影响神经系统，并因此而引起几乎机体中任何类型的疾病。清除肝脏和胆囊里的胆结石可改善所有细胞的营养供应，如此便能使神经系统恢复年轻并且增进机体的所有功能。
