幽门螺杆菌的感染只有在正常无害的细菌已经使胃部细胞衰弱破坏后才有可能发生。在健康的胃组织里，同样的病菌可被视为完全无害的。我们当中的大多数人体内都含有这种病菌而并未被其困扰。这种现象给我们提出了一个非常重要的问题：为什么同样的病菌能在一些人体内导致溃疡，而对于另外一些人去却没有影响？就像我们之前提到过的，肝结石及胆囊结石导致消化道的堵塞，会引起胆汁及毒性物质经常性返流入胃部，从而对不断增长的胃细胞发生损害。抗生素会破坏胃部天然的菌群，包括那些正常地帮助分解被破坏细胞的细菌。尽管抗生素可以迅速地消除胃溃疡的症状，但是它也对胃部功能造成永久性的削弱，从而让机体受到比仅仅是胃溃疡所带来的更严重的挑战。结果是得不偿失。但是，一旦体内存在的胆结石都清除了，并规律的配合以健康的饮食和均衡的生活方式，大多数的胃部疾病都会自然而然地消失。
胰腺疾病
胰腺是一个小腺体，胰头部分被十二指肠所环抱。它的主要导管与胆导管汇合组成了胆管的壹腹部。壹腹部的中间部位开放进入到十二指肠。除了分泌胰岛素及胰高血糖素，胰腺还能产生胰液，其内包含能够消化糖类、蛋白质和脂肪的生物酶。当胃部的酸性内容物进入十二指肠的时候，它们同时混合着碱性的胰液和胆汁。这样能为胰液里的生物酶保持活性创造适合的酸碱平衡环境（酸碱度）。
肝结石或胆囊结石会让胆汁从等于或多于一夸脱的正常分泌量减少到每天只有相当于一杯的量或更少。这会严重阻碍消化进程，尤其是对于脂肪或含脂肪食物的消化。随之，十二指肠里的PH值会变得太低，使胰液及小肠分泌黏液里的生物酶不能发挥活性作用。最终结果是食物只被部分消化了。浸润在酸性胃液里没有被正常消化的食物，会对整个消化道产生刺激性及腐蚀性的效果。
如果胆结石从胆囊移动到壶腹部，也即总胆管与胰管汇合的地方（如图3所示），胰液的流动将会受到阻塞且胆汁则进入到胰腺内。从而使许多本来到了十二指肠才被正常激活而使蛋白质分裂的生物酶，在胰腺里就被提前激活了。这样使这些生物酶具有高度的破坏性。它们开始消化部分胰腺组织，引起感染、化脓及局部血栓的形成。这种病理情况即为胰腺炎。
胆结石堵塞壶腹部，导致细菌、病毒及毒性物质进入胰腺内，可能对胰细胞产生更深远的影响，最终导致恶性肿瘤的发生。肿瘤大多数发生在胰头部，在这里它们会阻止胆汁及胰液的流动。这种情况通常会伴有黄疸病的发生（更多的细节请看下一部分“肝脏疾病”）。
在肝脏、胆囊及胆管壶腹部的结石可能也是引起两种糖尿病的部分原因：胰岛素依赖性糖尿病及非胰岛素依赖性糖尿病。我的所有被诊断有糖尿病的病人，包括小孩，他们肝脏内都有大量的结石。假如他们遵循健康的日常生活规则及不含畜产品的饮食，肝清洗术能使他们每一个人的情况大大地改进。
