3.1261年后的拜占庭帝国当尼西亚的希腊人在米哈伊尔·帕略奥格八世的领导下重新夺回君士坦丁堡后，他们发现城市的人口减?、毁坏严重，帝国原有的版图大部分控制在拉丁人手中。米哈伊尔不可能夺回整个希腊或诸多岛屿，将疆域推进到小亚细亚塞尔柱王朝的首都科尼埃，或者有效地对付巴尔干的塞尔维亚人。然而，他也避开了来自圣·路易的弟弟、安茹的查尔斯的威胁。1282年，仿佛为拜占庭帝国而凸显的一支新的强有力的队伍、被称做“西西里晚祷派”的起义阻止了安茹伯爵入侵，致使他不得不放弃了自己的计划。
米哈伊尔八世的后继者大都无能并且容易轻举妄动，以致他们在很大程度上促进了这个被围困的帝国的灭亡。王位战争将帝国从内部分裂成几个部分。当萨洛尼卡因?战分裂时，社会动荡再现，货币贬值。新争议将深受决择之苦的教士划分为两部分：与罗马教会联合或者相反。
从1330年开始，一场新运动在整个东欧复兴了修道主义，这就是“静寂”（希腊语Hesychasm）奋兴运动。10世纪，东正教僧侣在北希腊的阿索斯山上建立了一所非比寻常的修道院，禁止一切女人抑或雌性动物进入。由于直接对君士坦丁堡大教长负责，这些僧侣保有独立，实行自治管理，并将全部精力都用于自给自足和学术活动。从阿索斯山运动开始，还有许多僧侣创建了其他运动。其中之一是西奈的圣·格列高里。他在保加利亚东南建立了一所修道院，强调“静寂”目标——一种神秘的回忆和沉静，这是人类战胜了情感以后的状态。尽管他承认有利于精力集中的身体练习方法也十分重要，但强调只有冥思祈祷才可以与上帝沟通。
14世纪早期，君士坦丁堡城内的修道院教堂在富人的捐赠下得以重建。拜占庭教士对于学术、图书馆的维护以及希腊遗产都重新产生了兴趣，为后世保留了过去的知识。拜占庭社会既承认现世的生活也承认精神生活。一些僧侣强调希腊文学和哲学，即所谓“外在智慧”，认为它使人能够认识真理；另一些人，经常是不识字的人，则强调来自于神圣之光的“内在知识”，称其可以照亮人类灵魂。通过这种神圣之光，通过一种心灵和肉体的直接体验，人类得以神圣化。这些教义明显地给传统的东正教观点带来了问题，有许多评论家嘲笑“静寂”运动。然而，这种神秘运动引发了知识和灵性的复兴。
4.土耳其人的进攻（1354—1453）14世纪末，土耳其人开始逼近拜占庭在小亚细亚的边境线。经济和军事的动荡导致该地区民众极度不满，他们宁肯让土耳其人来统治，也不要残酷而无能的拜占庭官员。农人主动向土耳其人缴纳贡赋，而且随着时间的推移，其中许多人为了免税而改信伊斯兰教。他们学习土耳其语，同时也向游牧的土耳其占领者传授农业定居生活的艺术。
吞并了拜占庭在小亚细亚的领土之后，土耳其人建立了一支海军，并开始在马尔马拉海和爱琴海一带进行袭击。1354年，拜占庭的王位争夺者之一允许他们在欧洲安顿下来。不久，他们就占领了色雷斯的大部分地区。1363年，他们迁都至亚德里亚纳堡（Adrianople），这里位于距海峡较远的欧洲一侧。君士坦丁堡现在已经陷入土耳其疆土的包围之中，外界只能从西部的海路抵达。为了生存，后世皇帝们与土耳其统治者签订了屈辱的和约。
尽管拜占庭帝国一直存续到1453年，但是其生存不再掌握在自己手中。土耳其人首先选择进攻巴尔干的大部分地区，并分别在14世纪70年代和14世纪80年代占领了保加利亚和塞尔维亚人。1396年，一支抵抗土耳其人的法德十字军在多瑙河的尼科波利斯（Nicopolis）被打得溃不成军。
然而，土耳其人的征服延迟了半个世纪。因为1402年，帖木儿领导的蒙古人从中亚蜂拥而至，在安卡拉打败了土耳其军队。像大多数蒙古军队的征伐一样，这次行动也证明了其暂时性，所以土耳其军队和国家能够恢复过来。15世纪20年代和15世纪30年代，土耳其人迁入希腊。完全被土耳其军事扩张所震惊的西方，现在试图支持拜占庭人的防御。他们于1439年协议建立了东西教会联合?并准备于1444年向保加利亚派出一支新十字军。不过，二者都被证明是无效的努力。
伴随着穆罕默德二世（又称“征服者”迈哈麦德）于1451年登基，君士坦丁堡的命运已经不可逆转。博斯普鲁斯的新土耳其城堡阻止船只向城中运送给养。1453年，强大的土耳其军队和火炮包围了城市，他们甚至派轻便船队北行阻截逃亡者，并将之困入金角湾。最后一位皇帝君士坦丁十一世，在土耳其人进攻时勇敢地在城墙保卫战中战死。
1453年5月29日，城墙被摧毁，皇帝亦已战死，土耳其人占领了这座城市。穆罕默德二世在圣索非亚教堂内感谢真主安拉，而后就将那里变成了一座清真寺。其后不久，他新任命了一位希腊人为东正教大教长，并宣布自己为基督教会的保卫者。就总体而言，在接下来的数个世纪里，东正教接受了苏丹，并视其为拜占庭皇帝的世俗继承人。
