爱因斯坦为犹太复国主义所作的努力也在继续。1938年，他为总部设在纽约的巴勒斯坦劳工问题委员会所作的题为《我们欠犹太复国主义者的债》演讲中，集中讲述了犹太人目前面临的糟糕境地。但爱因斯坦在演讲中乐观地说，犹太复国运动在犹太人形成了新的社区观念，使得许多人远离反犹太主义的国家，致力于在巴勒斯坦的开创性工作。
那一年，物理学界取得了一项影响深远的巨大研究突破，成为当年物理学的头条大新闻。奥托·哈恩、利斯·迈特纳、弗里兹·斯特里斯曼和迈特纳的外甥奥托·弗里希在欧洲的实验室工作时发现了原子裂变现象。他们首次确定，用中子轰击铀元素的原子，其原子将分裂并形成连锁反应，产生巨大的能量以光和热的形式释放出来。如果这些能量在瞬间释放，将造成威力巨大的爆炸。这个实验与1934年费米所做实验类似，不过当时费米并没有马上意识到自己所获得的结果的内涵。这个有划时代意义的发现不仅在物理学领域引发了革命，也很快给世界政治带来巨大的影响。
就在这时，爱因斯坦的妹妹玛雅从意大利来到普林斯顿看望哥哥。她的丈夫保罗·温特勒因为健康原因被拒绝进入美国境内，后来搬到日内瓦住在朋友家，因为当时美国法规规定，如查出健康有问题是没有资格移民美国的。保罗赞成妻子移民到美国普林斯顿，在当时的局势下，到美国跟哥哥在一起比待在欧洲安全得多，希望等欧洲安全稳定下来后，玛雅再回到他身边。至此，爱因斯坦在马舍尔大街的家住着他本人、妹妹玛雅、继女玛戈特和私人秘书海伦·杜卡斯，还有一只叫“奇科”的狗和一只叫“老虎”的公猫，它的名字取自普林斯顿大学的吉祥物。后来家里又增加了一只鹦鹉，是爱因斯坦七十五岁大寿时朋友们送的贺礼。在谈到奇科狗时，爱因斯坦说：“这狗可聪明了。看到我收到这么多信件，它会为我感到难过，这就是为什么它老想扑过去咬邮递员的原因。”
1939年5月，爱因斯坦在普林斯顿理论研讨会上就科学和宗教作了一场演讲，题为《我们的目标》。在演讲中，他认为科学和理性方法不能影响一个人的信仰，也就是说科学和理性的方法有其局限性。因此，宗教在现代社会生活中最重要的作用是使这个社会的价值观和目标变得明确。通常，强有力的传统将为社会的抱负和价值观提供坚实的基础，因为传统已在一个健康的社会中运作良好，证明了自身的价值，所以无需另外证明其正当性。
晚年的爱因斯坦已成为物理学最尖端领域的外行人，不再涉足主流物理学研究。他继续批评和辩论量子力学，同时坚持探索他的统一场理论，一些与他意见相左的物理学家对他的批评意见已不那么介意。由于不能依靠自己的力量在统一场论的研究中获得突破，他在科学方面只能越来越依靠年轻的合作者们的成就获得一丝安慰。
无论如何，因其科学“天才”和人道主义活动家的名声，爱因斯坦的名字还是极具分量的，通常他参与的项目往往能获得成功。例如，1939年7月盛夏闷热的一天，老朋友里奥·西拉德在爱因斯坦到长岛的佩克尼克湾避暑时前来拜访，跟他一起来的还有匈牙利出生的物理学家尤金·魏格纳。他们向爱因斯坦通报了从铀－235中获得原子裂变的结果。他们俩担心，如果德国科学家想到了要利用原子裂变产生的巨大能量的用途的话，可能会利用这个原理来制造原子炸弹。他们举例说法国科学家弗雷德里克·约里奥，他和妻子以及费米1934年独立得出了与波恩他们类似的结果，他们已马上意识到这个发现所隐含的可能性。约里奥已向比利时属刚果订购了六吨铀矿并从挪威买来了重水，这两样东西是制造一个原子能反应堆必备的成分。重水是一般的水经过化学处理，其中两个氢原子被代之以氘原子。氘原子中多了一个中子，使得重水比一般的水重量增加大约百分之十。这种水通常用于原子能反应堆中充当减速剂和冷却剂。减速剂用于减慢从连锁反应中释放出来的中子的速度，从而使原子裂变的速度加快并使裂变持续不断。连锁反应是一种中子从原子核裂变中释放出来的过程，而释放出来的中子又引发了进一步的核子裂变。裂变又产生出中子，于是反应不断重复。这种过程可以分成两种类型，一种是受控裂变，通常用于原子能发电，另一种是不受控的，常用于核武器。约里奥的这些材料已运送到英国存放。
爱因斯坦对这个消息十分担忧，马上同意过问此事。8月份，西拉德起草了一封给美国总统罗斯福的信，提醒总统德国纳粹在战争中使用核武器的可能性。信中强调，如果德国成功地制造出原子弹而美国无视这项研究的话，结果将是灾难性的。虽然爱因斯坦马上就在信上签了名——只有他一个人在信上签名——但这封信直到10月份才被送到罗斯福总统手上，第二次世界大战已在欧洲开战一个多月。战争初期，美国并没有决定参战，但罗斯福总统开始积极筹划准备未来参战计划，因此他对爱因斯坦的信所传达的重要信息表示感谢。他马上着手任命一个委员会专门研究从铀的裂变中制造原子能武器的可能。根据这个决定，美国在新墨西哥州的沙漠的洛斯阿拉莫斯开始高度机密的曼哈顿计划，研究和安装1945年让日本人吃尽苦头的原子弹。
1939年9月1日，德国入侵波兰并吞并了波兰北部说德语的波兰港口城市格但斯克。两天之内，英国和法国对德国宣战，美国当时保持中立并未马上参战。德国继续向波兰西部进发，很快拿下波兰首都华沙，并马上在那里设立德国占领军政府。与此同时，苏联在企图于本土之外与纳粹德国形成一个缓冲地带；在英国，大批儿童被疏散出首都伦敦，那些在西部相对安全的地方没有亲戚的孩子被安排到好心的陌生人家暂住。一些母亲带着孩子到加拿大避难，由于纳粹德国的Ｕ型潜艇在大西洋神出鬼没，英国客轮被击沉，许多逃难的人也随之葬身大海。战争开始后，欧洲国家向美国大量订购军火和物资以备战时之需，美国的经济在外来需求的刺激下开始复苏。
战争在海外已如火如荼，美国依然有条不紊地准备1939年到1940年在纽约召开的世界博览会。展览会的主题是“明天的世界”，意在促进科学技术进步，并借助这种进步达到经济的繁荣和个人的自由。这个博览会在经济大萧条和美国参加二战之间召开，具有巨大的象征意义，标志着世界未来的希望。爱因斯坦和家人们在博览会期间到弗拉兴牧场欣赏展览。遵从大会主办方的请求，爱因斯坦提交了一篇题为《致我们的子孙后代》的声明，存放在大会所设的时代文物密藏容器（内中存放具有时代特征的物品，以备后世研究）。在声明中，他回顾了一些世界上最有影响的科技成就，并告诉未来的世代，现在的人类正生活在经济和战争的恐慌中。
20世纪40年代初，爱因斯坦在美国新泽西州首府特伦顿宣誓成为美国公民。此时，战争在欧洲大陆四处蔓延，远东地区日本军国主义也悍然发动对亚洲邻国的侵略战争。在迫在眉睫的战争压力下，温斯顿·丘吉尔当选为英国的新一任首相。上任之初，他即向英国国民作了激情澎湃的题为《鲜血、汗水和泪水》的演讲，动员英国人准备面对即将到来的战争。德国继续入侵挪威、丹麦、荷兰、比利时和卢森堡；荷兰和比利时很快就投降，德国成功占领这两个国家。意大利也在此时向法国和英国宣战，德国军队于1940年6月中攻下法国首都巴黎。德国纳粹空军开始向英国大肆进攻，对伦敦展开大规模空袭。刚开始是日夜不停地空袭，后来由于白天飞机被英国地面防御部队大批击落，所以改为只在夜间进行。整个欧洲的城市都在疏散平民到安全的地方，以免被大规模的空袭伤及，但即使这样，平民的伤亡还是不可避免。在远东，日本法西斯开始大规模入侵中国、缅甸和菲律宾等亚洲近邻。德国、意大利和日本结成邪恶轴心——轴心国集团，相互承诺向各自提供经济和军事的帮助，以促成各自在自己战略地区的目标。在这场大浩劫中，许多欧洲的顶尖科学家，特别是犹太人科学家都争相到美国和加拿大避难。
在美国，人们再次用选票将备受爱戴的富兰克林·罗斯福总统送上前所未有第三任总统任期。为了参战阻止德意法西斯在欧洲横行霸道滥杀无辜，在罗斯福总统的努力下，美国国会通过了巨额国防预算并迅速制造五万架战机。同时国会还立法通过所谓“征兵法”在美国建立了“义务兵役制”，开始推行强制服兵役的制度，年龄位于二十一岁到三十六岁之间的美国男公民均被要求马上登记参军。同时，相配套的“史密斯法案”也很快付诸实施，要求所有美国外侨和外籍居民也应报名参军。
