儿子刚平定，教皇又闹了。1239年，教皇再次对腓二下了破门律！腓二又犯啥错误了？！腓二的计划是以西西里为根据地，向北推进，当然他的理想也是全取意大利。自从教皇有了一块土地后，他们的世俗心就被激发了，谁不想院子越来越大啊，腓二向北推进，位于意大利中部的教皇国正在前进的道路上。
腓二对破门律都麻木了，不过这次他没无视，他指挥大军开进了罗马。格里高利九世实在受不了这个气，终于蹬腿了，接替他的英诺森四世继续叫嚣收拾腓二。英四也收拾不了这个猛人，罗马太不安全了，教皇为安全考虑，跑到法国里昂，建了一个新教廷，遥控指挥全欧洲的同盟对抗腓二。
根据之前的记述，斯陶芬家族最忌惮的敌人是伦巴底同盟。腓二当然不想放过他们，而且儿子造反的时候，伦巴底同盟还是他同伙呢。于是，腓二发兵找伦巴底同盟算新账旧账。可惜的是，巴巴罗萨打不过这种新兴的城市联盟，腓二也打不过。而教皇的指挥是颇有层次章法的，除了战场上的正面打击，他还买通了腓二身边人对他投毒下药，这中间还包括腓二的御用医师。
1250年，腓二死去，之前这个强人已经病了一段时间了，可是既然连御医都信不过了，我想他也不太敢乱吃药，就这么死掉了。
腓特烈二世是个很精彩的帝王，即使是最枯燥的历史书籍、最严肃拘谨的文字里，你都能感觉到他是个放浪形骸、离经叛道、特立独行的潮人。“地主”们也许会想，上面说的这些事，看不出来呀？每个德国皇帝不都忙这些事吗？是啊，他不忙皇帝工作的时候，日子是很缤纷的，老杨拣几条给大家说说啊。
第一，教皇动不动就开除他教籍，其实这个事，他根本不放在心上，作为一个基督教国家的首脑，罗马天主教廷的保护者，腓二最大的特点就是，他对上帝的信仰没那么虔诚。
第二，腓二特别喜欢研究科学，而且喜欢拿活人做医学实验。最出名的一个，他想知道，人吃饱以后是坐着不动消化快，还是吃完运动消化快。他找了两个犯人，晚上给吃了顿饱饭，然后安排一个去骑马，一个躺下睡觉。第二天一早，这两个倒霉鬼被解剖，皇上得到的结论是，吃完不动，消化得好，“地主”们以后吃完就卧倒。有一天他又突发奇想，要是没有任何人跟初生的婴儿交流，他们会不会自动学会说话，自动会说哪种语言呢？于是他下令，找几个婴儿，规定保姆只准喂他们吃，给他们换尿布，但是绝对不能跟他们有任何语言上的交流，不准爱抚他们，哄他们。实验结果是，这些小婴儿没说出火星语言来，他们全死了！
