进驻北京是他北伐的最高峰，他在高级军事将领的陪同下，到西山的碧云寺作了一次虔诚的朝圣。
在孙中山的灵枢前，蒋与他的同僚们脱帽伫立，不一会蒋便抑制不住地抽泣起来。
情感是短暂的，胜利的欢欣也是如此。
现在，战斗结束了，国民党内立刻在左派与保守派之间及蒋介石的支持者与反对者之间产生了新的派系斗争。
1928年7月下旬，蒋去南京参加国民党中央执行委员会的会议。他提交了辞呈，但无人对此感到意外，因为大家熟悉他的习惯，这次他有了可以公开的理由。人们都很清楚，他只是在战斗中任总司令，而现在战斗结束了。
然而，蒋当时辞职的真正原因是要阻拦他的下属将领，因为他们希望蒋不要理睬少帅所表现的忠诚，继续用军事进攻占领东北。总之，他们认为张学良的父亲曾在北京指挥了反对南方的军队，所以他的儿子一定要受到教训，向强硬路线低头，但蒋急于巩固他的权力以及他所构想的随之而来的革命，而征服东北将浪费本来就不足的人力物力。
蒋的下属们认为蒋错了，同时，他们强调说，蒋在和平时期不做总司令是没有道理的。其实如果蒋成为行政院主席的话，对他们来说才是真正有用的。但就真正的权力而言，所有这些都是不够的，蒋可以在他已有的职务上再加上新的头衔，但要让人真正对他服从敬畏则又是另一码事。从这个意义上讲，蒋的权力是虚幻的。
在北伐胜利完成之后，蒋的同僚和下属们注意到了他的一个变化，那就是他们发现他“骄傲自负，独断专行”。
在他自己这方面，他宣称自己是孙中山革命的合法继承人，他把中国的统一看成是人们对他个人的服从，而他的革命同僚们则心甘情愿地臣服于他。
在国民党中央执行委员会议上，委员们采纳了蒋的提案：按照孙博士的意愿设立立法、行政、司法、监察和考试五院。这至少在纸面上使孙的具有中国特色的五权制宪法得以体现。
接着他们重新开始争吵，右派人士退席，蒋宣布会议闭幕，这是8月中旬。
此后蒋极力说服国民党左、右派都同他合作。他同右派的合作比同左派的合作成功得多。他给汪精卫和正在欧洲的孙夫人发了电报，但皆无回音。
10月份，执行委员会在南京开会，以贯彻落实已定下的决议。10月4日，颁布了“中华民国组织法”。“训政”时期——即国民党一党专政时期——正式宣布开始，但没有说明结束的日期。不久，国民党中央最高政府机构被命名为“国民政府”。
10月10日（“双十节”，它是1911年革命的周年纪念日），蒋介石就任新的国民政府委员会主席。18名政府委员会成员中包括数名右派分子，但没有左派。
作为标志着“统一”的分赃交易的一部分，政府中包括北方的军阀，如冯玉祥、阎锡山和张学良。作为政府主席和总司令，此刻的蒋介石拥有压倒一切的权力。而且，大家都同意 他有权单独接待外国列强的代表，这使他在实际影响上而不是在名义上成为民国的元首。
这样，经过战争和几次下野，蒋已达到政治生涯的顶峰。此时，他只有41岁。他选择南京作为民国首府。
后来，已故的萧冬竹，这位当了40年中央新闻社社长的人，于1947年在南京详细地向
埃里克?周列举了定都南京的理由：
1．在南京，孙逸仙博士曾宣誓就任临时大总统。
2．北平离江西太远，共产主义者在江西建立了一个大本营，蒋介石要对江西用兵。
3．南京离上海很近，而上海是全国的金融中心。
4．蒋自己的部队大部分是南方人，他们在北方定居是困难的。
5．蒋希望南京和上海在地理上的紧密关联能增加他在国际社会中的亮相机会。
6．蒋认为北平作为封建帝国的皇宫所在地时间长，故不宜被接受为革命的司令部。
有着传奇色彩的冯玉祥来到了南京这个争吵不休的政治舞台，他那顶众所周知的古色古香的破草帽，那身士兵穿的褪了色的灰色战地服装，还有那双手制的布鞋，使他成了享有俭朴名望的活化身。他喜欢自己驾着军用卡车环城行驶，在早饭前的某一刻不通报姓名地拜访某些高级官员，把他们从沉睡中唤醒。这些拜访对于那些高级官员来讲远非像对冯玉祥那样令人愉快。他成了军事部长，显然人们希望他能够把消费降到最低点。
阎锡山极不情愿地来到了南京，随后，他被任命为内政部长，但事情并不像他所理解的那样，不久后他就回到了太原他的大本营。
这些新的安排只是权宜之计。在蒋表面上达到权力顶峰之际，他出外作了一次视察。1928年11月，在视察途中他下令所有的赌博场所、鸦片馆和蚌埠的妓院在三天之内立即关闭。在安庆，他召集地方官员开会，指示他们剿灭盗匪，修公路，办学校。他说，这是一个崭新的时代。
当他回到南京的政治争斗中时，他抱怨道：“自从孙博士去世后，我们没有一天能够完全一致和团结。”
他大声责骂说：“官员们并不知道工作的意义……我们的工作时间不长——一天才六小时……但我仍看见一些职员在办公桌前那副懒洋洋的样子，有的茫然地盯着空地，有的在看报，或者在睡觉。”
那一年结束时，形势对蒋极为有利。
他把少帅安排到行政院这一举动激怒了李宗仁，但张学良不负蒋所望。1928年11月29日，他下令奉天总部上空升起国民政府的旗帜，并公开宣布了他对国民政府的忠诚。
具有讽刺意味的是，八年以后，在著名的西安事变中，他绑架了蒋并使其蒙受了耻辱。
1928年底，蒋可以宣称在他的领导下已“统一”了中国。
