会议从258名代表中选出了36位新的执行委员会委员，其中有七位是共产党人。
毛泽东是其中之一，他负责国民党的宣传工作。另外，中共创始人之一陈独秀，在广东负责国民党党务。蒋介石也被选为执行委员。会上，蒋报告了他的军事计划——一个只有8．5万军队的计划。这支军队中，只有6万人配有枪支。另外，还有6000名军校学生，在必要的时候可以动员起来。
1926年2月1日，蒋被任命为国民革命军总司令。
大概是从这时开始，蒋认为共产党正在暗中进行反对他的活动。会上，共产党对他的军事计划没有提出任何反对意见，鲍罗廷甚至支持这些计划。然而，会后鲍罗廷突然被召回。在他离任期间，由他人负责苏联军事顾问团的工作。
大概在此时，广东出现了把蒋介石描绘成新军阀和攻击北伐的传单。蒋怀疑这是苏联人在幕后策划的。
他在日记中写道：
“我待他们以诚，他们却报之以诈。不可与他们共事。”
在这种情况下，为了缩小目标，蒋介石决定辞去他最初选定而尚未就任的职务。他于2月8日宣布，他将不辞去国民革命军总司令的职务。第二天，他拜访了汪精卫，提出辞去在军事委员会中的职务和广东警备司令的职务。汪不露声色地听着，既不表示接受，也不表示拒绝。蒋介石感到，不久他将与现任国民党和国民革命领袖的这个真正的对手发生冲突。
对于是否北伐，蒋在心里仍是很矛盾的。汪精卫依然保持着沉默，最后蒋摊了牌。2月27日他对汪说：“如果你不接受我的辞呈，那就请俄国人离开。”汪还是没有反应。
3月8日蒋回到汪的办公室说：
“领导国民革命的实权不应落入俄国人之手，即使与第三国际进行联络也应划清某种界限。我们决不能丧失自己的决定权。”
以上的谈话情形是在事件发生大约30年后，蒋介石记录下来的。
整个事情的发展令人烦恼不安，蒋常常为此而失眠。2月28日，他在日记中写道，他度过了稍微平静的一天，许多天以来第一次度过了一个心境宁静的晚上。大约是在这个时候，有人两次企图杀害蒋，均未成功。
为了当时和将来使用，他开始搜集在广东的那些潜在的对手和阴谋者的个人档案，并建立了一个有效的秘密机构，监视来自各方面的可疑人员。
对于蒋辞职的问题，汪仍然保留着自己的意见。但是，他开始隐晦地告诉这个年轻人趁着局势还好的时候离开广东，继续待下去可能会给自己的生命带来危险。虽然蒋当时的处境尚好，但是，如果他继续待下去，他可能会遭暗杀。如果离开，他又要对擅离职守负责。更糟糕的是，他发现苏联人了解到他与汪精卫之间的交易，据此他认为汪正在与苏联人勾结。
接着便是“3?20事件”（“中山舰事件”）。
蒋声称中山舰开到黄埔，“是共产党的一个阴谋”，他以广东警备司令的名义宣布了戒严令。
根据他的命令，25名共产党员被逮捕或受到严密监视，其中包括周恩来。1926年3月20日凌晨3点，在广东有更多的人遭到逮捕。1925年6月20日“沙基事件”后，为支持全面罢工而成立的由共产党领导的省港罢工委员会武装纠察队，这一次也被缴械。军队进驻总工会和中山舰，苏联顾问被软禁。
由于完全没有准备，蒋对共产党的突然袭击是毁灭性的。中共和俄国人都没有事先觉察。冯玉祥到达莫斯科两个月之后，有人告诉他，在蒋早些时候访苏时，给人的印象是比俄国人所见到的其他中国人还要左，还要革命，“3?20事件”使俄国人和在莫斯科的中国人感到惊讶。冯写道：“他们无法想象出发生了什么事。”
