孙中山并未重视蒋介石的这封信。蒋介石没有参加广西战役，6月14日他母亲去世，他立即赶了回去，一直待到11月他母亲安葬完毕。这期间，他除了几次返回广东外，大部分时间都在溪口，孙中山未出席葬礼，但他为蒋太夫人写了一篇感人的悼文，并在葬礼上由人代读。
正如蒋所判断的那样，陈炯明开始背叛革命。1922年3月21日，粤军高级军官、蒋介石的朋友邓铿被暗杀。陈炯明涉嫌很深，但没有确凿的证据可以指控他。陈炯明有很大的可能暗杀邓铿，因为邓铿非常忠心于孙中山。陈炯明计划排挤或除掉孙中山周围的高级军官，使其孤立无援；然后他再逼迫孙中山推迟甚至放弃北伐计划。
蒋介石强烈要求孙中山将他的部队秘密开进广州，重建其大元帅的权威，然后清除广西残余桂军，最后出征北伐。
4月，孙中山的部队开到广州。这时，陈炯明拍电报给孙中山，请求辞去他的几个主要职务——这是传统的拉开距离的中国方式。孙中山批准了他的辞呈，但要求他仍留任陆军部长职。陈炯明拒绝孙中山的挽留，将他的部队开回老巢——广州东部的惠州，在那里静观事态的发展，等待时机。
蒋介石强烈要求进攻惠州，然后平定广西，但孙中山又一次拒绝了蒋介石的建议。恼怒之下，蒋介石回到上海。4月22日他写信给陈炯明，呼吁他与孙中山团结合作，参加北伐。陈炯明未予理睬。
陈炯明与北方军阀的暗中勾结现在公开化了。这些北方军阀都有自己的代表在北京政府内任职。北洋政府致电孙中山，要求他辞职，陈炯明及其手下公开支持这种要求。
6月16日，陈炯明倚仗北洋政府在政治和军事上的支持，公然派他的部队炮击孙中山的官邸，企图谋害孙中山。
这时，蒋介石还在上海，他后来回忆说，陈炯明曾向他的部下许诺，如果能杀死孙中山，则犒赏20万美金，他还要洗劫广州城三天。
孙中山坚持到最后，只是在他的同志们的劝说下才离开广州。在广州的大街上，他一度与叛军相遇，但侥幸的是未被认出来，孙中山逃到停泊在黄埔港的“永丰”号军舰上。
尽管孙中山不听蒋介石的劝告，以致到了今天这样的处境，但蒋介石如果不忠诚于孙中山，他也将一文不值。
蒋介石闻讯立即由沪南下，继续追随孙中山。他们在舰上待了56天。舰上闷热难熬，又缺乏食物和淡水。一到晚上，蒋介石就上岸寻找食物，天亮则回到舰上睡觉或在甲板上警戒。
他们没有很快乘舰离开，因他们寄希望于蒋的同事许崇智率领讨伐军打败陈炯明。但是，他们的希望落空了。8月6日他们得到许战败的坏消息；7日，他们又得知详细情况。两天以后，他们的内线报告有人要阴谋杀害孙中山。终于，这艘英国军舰同意将孙中山及其不多的追随者送往香港，再从那里去上海。
在这段处于逆境的日子里，蒋介石一直追随在孙中山左右，忠诚不移，尽管他并不事事服从。孙中山终于认识到，此前曾给予他良好建议并一直坚定不移地支持他的人，不是别人而正是蒋介石。
从此，蒋介石开始飞黄腾达。
