3月27日，拿破仑一行到达意大利军团驻地尼斯，在这里建立了司令部。三天后，拿破仑检阅了自己的部队，他很快就明白了为什么法兰西共和国最有势力的将军都不要求担任这个职务。这是一支半饥饿的、衣衫褴褛的军队，炮兵、骑兵严重不足。士兵们简直像一群土匪，巴黎供给这支军队的微乎其微的物资，很快就被士兵们肆无忌惮地偷盗一空。43000人没有军饷，没有军粮，没有饲料，没有鞋袜，没有衣服，没有营帐，没有运输工具，物质生活极为困乏。饥饿的军队到处抢劫和偷盗，反抗和开小差不时发生，士气十分低落。
拿破仑立即着手整顿军纪。然而，年仅27岁的拿破仑要想控制这支军队并非易事。这里的下属军官只服从年长的或功绩更大的长官，对这个身材矮小、不修边幅、说话还带有难听的科西嘉口音、并非十分有名的年轻司令，根本不放在眼里。他们经常与拿破仑发生争吵。
在一次激烈的争吵中，拿破仑曾仰头看着个子很高的一位将军，说：“将军，你的个子正好高出我一头，但假如你对我无礼的话，我就会马上消除这个差别。”
拿破仑不能容忍在他的军队中有任何反对他的思想，谁胆敢和他作对，不论其职位高低，脑袋必须搬家，这是他一直遵守的原则。
当然，拿破仑也清醒地认识到，要真正严肃军纪，制止偷盗行为，单靠枪毙一些人是无济于事的，必须使自己的军队有衣服鞋子穿。而要得到这些东西，必须鼓励士兵用武力向敌人索取，而不是等待政府的供应。于是，他迅速宣布了一个突破意大利通道、变敌方最富饶地区为战场的大胆计划。在出征前，他发表了极富煽动性的动员演说。他说：士兵们，你们缺吃少穿，共和国亏欠你们很多，但是国家还没有力量还债。我是来带领你们打进天下最富庶的平原去的。丰饶的省区、富裕的城镇，全都任凭你们处置。士兵们，你们面临这样的前景，能不鼓起勇气坚持下去吗？
这是他第一次对自己的部下讲话。士气日益低沉的士兵们听了这位年轻无畏的带头人的一番演说后，无不满怀希望和信心。
在鼓舞起士气、军心稳定之后，4月9日，拿破仑率军出人意料地翻越阿尔卑斯山，突入意大利。拿破仑面对8万联军，并未有丝毫胆怯。他冷静从容地制定了集中优势兵力、各个歼灭敌人、不给敌人喘息机会的战略战术。在短短半个月内，打了6次漂亮仗，对方战败求和。拿破仑马不停蹄，5月15日，又攻占米兰，取得米兰战役的胜利。
紧接着法军又发动对欧洲最坚固的要塞之一——曼图亚的进攻，由于奥军援兵赶到，拿破仑采取了先在外围作战、各个击破其外部力量、使曼图亚陷于孤立的策略。最终，奥军乖乖交出了曼图来城。这样，法军便直接面对奥地利本土了。拿破仑迅速捕捉战机，率军直奔奥地利首都维也纳。1797年4月，奥地利在法军的强大压力下，停战求和。
在对奥战争的过程中，拿破仑打了一次很漂亮的仗。这期间被称为他一生中“最伟大的战役”，即阿克拉战役。
当拿破仑的军队与奥地利军队战斗的时候，拿破仑的心中只有一个信念，那就是：往前冲，战胜敌人！他一直想着怎样打败奥地利军队，因为自己不是打败他们，就是被他们打败。
