藤野先生1874年生于福井县坂井郡本藏村。在爱知县立医学校毕业之后，曾在母校任教。这之后，他在东京帝国大学医学院研究过解剖学，1901年才到仙台医专任讲师。鲁迅到校时，他刚刚提升为教授。藤野先生黑黑瘦瘦的，留着八字胡，穿戴很随便，常常忘记结领带，冬天穿着一件旧衣服。有一回坐火车，竟有人怀疑他是扒手。他身上有一种率真的执拗，正直的古怪。鲁迅总忘不了他第一次上课时的情景，讲课前他是那么认真地用抑扬顿挫的语调自我介绍说：
"我就是叫做藤野严九郎的……"
在座的"原班生"哧哧地窃笑开了。然而正是这个脾气古怪的教授，典型地反映了日本人民那种善良的品格，正直的灵魂。藤野先生九岁时父亲就去世了，后由两个当医生的哥哥扶养上学。少年时代，他曾经在家乡的酒井藩校，和他的老师野坂学过汉文，了解汉民族的文化，因此，他也尊重这种历史久远的文化和创造这种文化的国家与人民。这种经历使他和一个不远万里来到这里求学的中国青年的心灵息息相通。他很自然地感觉到，鲁迅身处异国，又是在仙台，没有本国的伙伴，生活一定是很寂寞的，他从主人与老师的双重责任感出发，对鲁迅便特别关怀。开课一个星期后，藤野先生派助手叫鲁迅来到研究室。
"我的讲义，你能抄下来吗?"
"可以抄一点。"
"拿来我看。"
于是，鲁迅把笔记本交给先生。不多时，藤野先生又把笔记本退还给鲁迅。鲁迅把笔记本打开时，竟吃了一惊，同时又感到一种不安和感激。原来讲义已经被藤野先生从头到末，都用红笔添改过了，不但增加了许多脱漏的地方，而且连文法的错误，也都一一加以订正。
藤野先生还让鲁迅每周把笔记本交给他一次，他都同样认真地加以改正，一直继续到教完他所担任的功课：骨学、血管学、神经学。
还有一次，藤野先生在检查鲁迅的笔记时，发现一幅下臂血管图画得不准确，便指着图，和蔼地说道：
"你看，你将这条血管移动了一点位置。自然，这样一移，的确比较的好看些，可是解剖图不是美术，实物是那么样的，我们没有法改换它。现在我替你改好了，以后你要全照着黑板上那样的画。"
鲁迅的好胜心似乎一下子接受不了老师的批评，他口头答应着，心里却说：
"图还是我画的不错；至于实物，我心里记住就是了。"
然而，不知怎样，藤野先生这段教诲，竟是那样不可抗拒地征服了鲁迅，叫他始终不能忘却。藤野先生这种把科学和艺术严加区分的求实精神，对鲁迅产生了深远的影响。
鲁迅从藤野先生那里感受了一种崇高的爱，他深切地理解：这不仅是老师对学生的严格的真挚的爱，也是日本人民尊重中国人民的深情厚意。这是日本人民给鲁迅留下的永远不会消失的美好记忆。鲁迅回国后，把藤野先生送给他的照片，一直郑重地挂在自己书桌对面的墙上，时时衷心地缅怀着他。在黑暗笼罩着中国的年月里，藤野先生的形象在鲁迅心中熠熠闪光。当日本帝国主义者对我国发动侵略，鲁迅对此感到义愤填膺时，藤野先生的形象依然使鲁迅确信日本人民是善良和友好的。《藤野先生》正是鲁迅用记忆中最美好的情感织缀而成的，这篇散文最后深情地写着：每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了，于是又点上枝烟，再继续写些为"正人君子"之流所深恶痛绝的文字。由于藤野先生认真的辅导，鲁迅第一学期的考试赢得了中等成绩，平均分数在及格之上。虽然不算太好，但也很不容易了。
"中国人是低能儿，能得到这样好的成绩吗？"一部分受沙文主义思想影响的歧视中国的日本学生怀疑起来了。于是，一种无端的侮辱随之也降临到鲁迅头上。
一天，鲁迅同级的学生会干事来到他的宿舍，声称要借他的笔记看一看。鲁迅便将笔记找出来交给他。这位干事只翻检了一下，并没有带走，当场就还给了鲁迅，鲁迅感到纳闷。那位干事走后不久，邮差就送来一封很厚的信，拆开看，第一句话就是：
