不过，王石对万科的减法操作却是从万科的“务虚会”拉开序幕的。
1993年1月，万科管理层在上海召开务虚会，对自1988年底公开发行A股以来公司的发展进行了总结和反思。即使预感到了房地产整体可能趋转的形势，王石和万科管理层仍然正式决定放弃以“综合商社”为目标的发展模式，提出了加速资本积累迅速形成经营规模的发展方针，并确立了城市居民住宅为公司的主导业务。
就在房地产在万科经营业务中的主导地位取得共识之后，万科的“减法”战略也就正式成形。按王石的说法，万科的“减法”包括三个方面：一是退出与住宅无关的产业，从多元化经营向专营房地产集中；二是收缩住宅产业战线；三是减少房地产业产品的品种，从房地产多品种经营向住宅集中。
随后的1994年，王石和万科管理层提出以城市中档民居为主，减少在房地产上的开发品种。在这之前，万科在房地产上的开发品种包括住宅、酒店、公寓、别墅、商场和写字楼。此时王石希望经过收缩，使万科成为一家只经营住宅的房地产公司，与那些从住宅产业转而进军酒店和写字楼的房地产公司形成了鲜明的对比。
到了1995年底，王石再次率领万科回师深圳，从已经开发住宅项目的13个城市削减到深圳、上海、天津和北京等几个城市。
王石主导的收缩是通过两种方式来实现的：
一是卖掉公司。比如万科原来拥有的银都系列，它在成都、石家庄、青岛都有项目，在收缩的过程中，就把股权转让给了合作方。二是进行留守，但不再开发新的项目。这种方法也是主要的方法，在沈阳、鞍山、大连等城市，万科都是采用这种方式，直到1999年再次扩张。这种适时的调整，使得万科进入的城市连成了线，似乎迎合了王石特有的期望。如在北方，沈阳、大连、北京、天津形成了环渤海的曲线；而长江三角洲的上海、南京、南昌也结成了一个整体。
说起这些转变的过程，王石后来有总结：“一开始的跨地域扩张带有一定的盲目性、随机性。所谓的盲目性，就是当时除了把上海、北京作为必须要进入的城市之外，对其他的城市都不是很明确，只要有机会就会往里投。既然是盲目的，投哪个不投哪个，也就带有一定的随机性。万科从13个城市收缩到4个城市，为的是集中资源。”
到1996年底，万科的“减法”战略可用如下特点概括：
资源方面：万科的资源已从13个城市集中到5个城市，即资源向三个直辖市和一个特区集中（北京、上海、天津和深圳），再加上由万科控股的银都集团所在的成都。王石后来回忆说：“我们选择这5个城市的主要依据是：地产综合价格指数、住宅价格指数、地产投资规模、开工面积、商品房占城市建设比重和个人购房率。”
其中，深圳地区被作为一个重点。王石认为，在全国范围内看，深圳是房地产市场发育最成熟的地区，1996年个人购房率已达85％，市场也正如万科1995年第四季度预测的那样走出了低谷。当时深圳每年的住宅需求为2万套，且市场需求每年以15％的速度递增，万科的开发量只占整个市场的3％，而王石的目标份额则是希望达到10％～15％。
产品结构方面：开发重点从写字楼、商场向住宅转移。1995年，写字楼、商场占万科在建项目面积的％，住宅只占％；1996年住宅占到％，写字楼、商场占到％。如同王石所说：“这一调整对于万科今后的长远发展是至关重要的，也是符合深圳市1996年地产市场的变化的。”
这期间，对于非核心业务，王石和万科管理层坚决进行了资源重组，直到2001年把辛苦十年打造的名牌零售业公司――万佳百货――全部售予华润创业才算告一段落。与此同时，王石在加法上也做得彻底，只是这时的“加法”已完全不同于先前万科进行的“加法”之作，其结果是万科的土地储备增长迅速。
正是这种一加一减，万科的单一地产业务调整基本到位，随即开始的就是万科后来的“地产扩张”，直到形成中国“第一地产”的高度。
