王石及万科管理层希望，通过组织结构调整和业务流程的重组，保持万科核心竞争力，保持领先同业10%~20%的距离。而郁亮也认为，上一代职业经理人是在政策不确定、不明朗的前提下，在传统与市场的夹缝中生存的；而新一代只需面对整体上的市场环境。由于受过严格的商业训练，新一代可以把公司做得更精细，取得更好的经营业绩。
万科管理层的一位核心人物表示，新的组织结构分为四条主线：产品线、运营线、管理线、监控线。产品线负责从产品的客户分析，规划设计，到工程管理，营销的全过程；运营线负责融资、财务安排，运营管理，企业发展战略规划；管理线包括人力资源、物业、客户服务、总经理办公室等；监控线则负责公司的内部审计、风险防范以及党务工作。
另外董事会办公室负责投资者关系，媒体关系和研究工作。
万科专门成立了创新研究部、产品品类部两个新部门。“据我所知，这两个部门在国内任何一家地产企业都没有。”万科的核心人物曾公开对媒体介绍说。具体来说，万科要学习国外领先地产企业“工厂化作业”的房屋生产方式。
王石的接棒人郁亮认为，如果说手工作业的生产方式在以前国内地产市场的规模下还能适应公司发展的要求，但在未来，中国地产市场规模将大大扩张，公司生产规模要更快地增长，工厂化的生产方式才能使公司具有这样的增长能力。
据透露，万科标准住宅的4个版本已经成型，已经有十几个部品实现了工厂化的生产装配，在住宅性能标准方面的创新超过了60项。
另外，凭借资金集约化的管理模式，万科有效控制了业务发展过程中的资金风险，提高了资本运营效率和效益。正因为有了此种基础，万科相继成为中、农、工、建四大国有商业银行总行级的重点客户，其集团集约化的资金管理模式更是被各总行高度认同。万科内部资料显示，在房地产信贷规模收缩的2004年，万科反而获得了历史上最高的110亿元的银行授信额度。
至于监控线，则主要是指万科的审计法务部。万科的相关资料显示，监控部门的职责不仅是风险控制，更要把自己的角色定位于一个挑剔的业主，从这个视角考察公司的楼盘。用万科人自己的话说：“找出问题，项目公司该改进的改进，该公示的公示。他们挑出的毛病越多，开盘后客户能挑出的毛病就越少。”即使存在的问题是在万科的项目范围之外，万科也会及时向客户们提前预示。
除了如上的一些所谓颠覆，万科进行的另一项举动可以说是对“颠覆”一词的有力佐证了。这一项举动就是被业界称为的“打破‘集权管理模式’”。
所谓的“集权管理模式”被认为在万科坚持了10余年，1994年，万科实行投资决策权与经营权分离，集团的投资权全部放在总部。各地的子公司的信息直接上传总部，人员、资金、专业性的把握都由总部决定。
不过，王石及管理层的这种做法也经常受到业界质疑：十年集权，固然保证了万科很多重大决策的顺利实施，可是不是也错过了很多机会？损失了很多效率？万科是不是本来可以增长得更快？
对此，万科的管理层曾有解释说，万科的管理目标是“均好策略”，意思是说工作的各个环节像组成木桶的一块块木板，不能有明显的“短板”。
