当时的万科仍为全民所有制企业，是市属的四级企业，产权关系不明晰，企业缺乏自主权，无论是在人事任命、财务决策等方面都受制于人。虽然企业越来越壮实，但王石却越来越有某种隐忧。他意识到：自己所在的新兴企业，领导人的地位是不稳定的。因为他是由组织部、人事部任免的，随时可以更换，而且往往是非经济因素。在国营企业中人事危机是非常明显的。一心想自己当家做主的王石开始琢磨，怎样冲出眼前这个曾经庇护过自己、现在却又紧紧束缚自己的铁笼子？
后来，王石在接受媒体采访时，有一段谈话颇能说明他那时的心境。
王石说，早在1986年深圳政府就下达红头文件，在国营集团公司系统推行股份制试点工作。20世纪80年代的中期，特区经济发展迅猛，国营集团公司的日子很好过，没有危机感，普遍认为搞股份制设置董事会又增加了个婆婆，多此一举，所以没有集团公司响应。
“但是我看到这份文件很兴奋。当时万科在企业的发展方向、利润留成比例、人力和资金调配等方面和上级主管公司有很大的分歧，万科正处在十字路口，何去何从？我强烈意识到：股份制改造是一个让万科能独立自主经营的机会。公司的决策层很快统一了思想，要把万科改造成一家符合现代企业规范的股份公司。”王石如此回忆。
当然，虽然认为是个绝好的机会，但王石也坦言：“怎么改造，能否完成却一点没有把握。”后来，当上级主管公司得知万科管理层的想法时，采取了断然拒绝的态度。
“为什么断然拒绝呢？你王石在我的全资公司还不听招呼，改制后你还不要骑到我的脖子上啊!当时提出股份化改制的还有金田和原野两家公司，同样遭到上级主管公司的拒绝!集团老总自身不响应企业改制，还拒绝下级公司的改革尝试。面对这样的领导者你有何感想？好在政府主管体改的部门对三家申请改制公司采取了欢迎态度。”王石回忆说。
对于媒体“如何绕开中间层的阻挠”这一疑问，王石如此回答：
“中国的改革是自上而下的方式，在遇到中间阻力时，只有争取政府的支持，做上级公司老总的思想和观念转化。记得当时通过朋友介绍，结识了在政府领导身边工作的秘书班子，他们能理解万科的处境，并积极帮万科疏通渠道。当时的市委书记还特意安排他的秘书不定期地约见三家公司的老总，听取公司改制的进展，这种安排完全避开上级主管公司、政府有关部门，属于市委书记的秘密渠道，有点地下工作的味道。感觉到市委书记在暗中支持，心里有了底。”
但是，随着股份化改造进程的加快，万科同主管公司的矛盾也公开化。
王石说，“当上级公司得知市政府准备下文同意万科股改方案时，派了一个请愿小组到市府办公厅，强烈要求办公厅撤回股改文件，理由：政府越权干涉企业内部的正常管理。鉴于上级公司的强烈反对，办公厅只好暂停下发同意万科股改的文件。事后上级主管公司的老总公开得意地表示：你王石能耐再大，也跳不出如来佛的手心。”于是，也就有了我们在第一章里的相关一节内容了。
正是在这种情况下，才有了后来媒体所称的“王石向市领导告状”一事。
按王石的说法，当时的他只有硬着头皮去找市委书记兼市长李灏求援。“这是我第一次面对面同市里的一把手对话。市委书记的办公室很小，李灏坐在办公桌后面，手握一支毛笔，边听汇报边练习书法。听我们倒完苦水，他把笔一搁，一字一顿地说：‘改革是非常不容易的事，你们年轻人不要急躁，要沉得住气，困难越大，就越是要注意工作方法和策略。’市委书记还暗示：我的上级公司老总有北京的背景。当时年轻气盛，并不满意市委书记原则性的回答和含蓄的批评，现在回想还是老的姜辣。”
