判决书依据充分的事实指出："早在'九·一八'事变之前，他就与倡导军国主义，主张对外扩张、满洲是'日本的生命线'的阴谋者有着密切的关系。他事前就知道会发生这个事件。""在内阁会议中，他曾支持陆军所采取的步骤。""他倡导日本应该保卫满洲和蒙古。他早就倡导必须在满洲建立新的国家。"……
此外，在1935年他任驻"满洲国"大使期间，国民党政府在英国的支持下实行币制改革，规定几家大银行才有发行货币权，并宣布加入英镑集团。他即以驻"满洲国"大使的身分向广田首相提出建议，声称国民党的币制改革，有从根本上破坏日本独霸中国的危险，必须"予以彻底阻止"，"利用这个机会一举"策划华北各省"独立"。并声称这是"时不再来的绝妙机会"，要日本政府"上下合作，打成一片，同心协力，坚决努力"。足见其侵华的野心急切而膨胀。
还有一件事能具体地反映出南次郎残酷的性格。他在1942年任朝鲜总督期间，特意要求把在马来亚俘虏的千名英国军人押到朝鲜。他让战俘穿过釜山的闹市区游街示众，任围观的日本人和朝鲜人唾骂和凌辱，使他们感到自己直接参加了大东亚战争，以此奴化人们的精神，炫耀日军的"武威"。这批英军战俘被送到铁路、码头、煤矿去服苦役，许多人由于不堪非人的折磨而惨死。
国际军事法庭的判定了他的多项犯罪事实，1948年11月12日，判处他以无期徒刑。
受审日本战犯中的许多人，在他们被指控的诸多罪状中，都有参与或支持"九?一八"事变这一阴谋。他们受到了应有的惩罚。但策动事变的主犯之一，板垣的铁肩挚友石原莞尔却逃脱了法网。他该当何罪，又是怎样逃脱的呢
石原和板垣均为仙台陆军幼年学校出身，石原是隔5年的晚辈，但两人意气相投，交往很深。1929年6月，阴谋炸死张作霖的关东军高级参谋河本大作被调任后，板垣由石原推荐接替了他的职位。此后，被日军称为足智多谋的思想家的石原，与被称为气度宏大的战略家的板垣，便在关东军司令部里，像一个脑袋上的眼睛和耳朵那样紧密配合，致全力于对中国东北的侵略。
石原是日莲宗的佛教徒，有一幅"智者如水"般宁静的面孔。这是一种条件，是密室的四堵墙，是朦朦夜色，阴谋活动就在这夜色的掩护下进行。自1929年起，从旨在侦察兵要地理的"参谋旅行"，到为侵占沈阳调运24cm大炮，都是在石原与板垣的密切合作下进行的。1931年3月，石原拿出了他酝酿已久的《为解决满蒙问题之作战计划大纲》，提出了侵占沈阳及东北的具体思路。7月，他与板垣将此物带回国，经过一番游说与鼓吹，博得了军部大多数高级将领的支持。回到关东军后，经本庄繁司令官同意，他们照此蓝本加紧准备，并确定于9月28日起事。
9月中旬，他们连续接到桥本欣五郎的三封密电，得知了天皇的干预。17日夜，石原与板垣在辽阳的白塔旅馆经过紧张密商，决定提前行动，由石原回旅顺关东军司令部作部署策应，板垣抵沈阳坐镇指挥。18日下午，石原陪同本庄繁回旅顺。当天夜里沈阳一动手，石原就军容严整地出现在关东军司令部，敦促本庄繁下达了作战命令。"九·一八"事变之后，石原即衔功晋升为关东军司令部作战课课长。
不仅在"九·一八"事变中是中坚骨干，1937年日本发动全面侵华战争，也有石原重重的一笔。"七·七"事变爆发时，石原作为参谋本部作战部部长，立即抛出作战纲要，主张"增兵华北，将中国军队驱逐出平津。"并积极布置和调遣兵力，指导作战，借助关键的部门扩大了自己的罪行。
"智者如水"，不单是对石原的神情的形容，也是崇拜他的日军官兵对他的一个抽象认定。1927年以后，石原把日本军国主义精神、欧洲的现代军事思想及佛教要义熔于一炉，经过搅拌加工，抛出一系列理论文章，被称为"石原构想"。这个构想主要是散布末世情绪和鼓动战争，同大川周明的理论一样古怪。它以一副铁青的巫师面孔跟人们说：发源于中亚的人类文明分为东西两支，经过几千年的发展进步，而今已形成隔着太平洋相互对峙的两种文明。它们只有通过战争才能走向统一，进入"黄金时代"的文明。这个将要来临的人类最后的大战争，是以"日美为中心而进行的世界大战争，也是日莲和尚在《撰时抄》中所指出的，为了实现人类信仰的统一，必将于阎浮提(人世间)发生的前所来闻的大战争。"当人们堕入灰云残雾的恐怖气氛中时，它才说出它要说的话：为了支持这场持久的大决战，单靠日本的资源是不行的，所以必须首先占领中国的东北，把那里开发为战略资源的供应基地。"石原构想"像一个幽灵，潜伏在军国主义分子的身上，使他们笔直地走向中国战场和太平洋战场。
日本一投降，他在人们眼中无疑成了一个战争嫌疑犯。为了逃避审判，他便真戏假做，把自己装扮成受东条英机迫害的"和平战士"。1937年，石原担任了关东军参谋长东条英机的副手，两个热衷于权势的狂人撞到一起，很快就产生了势不两立的矛盾，石原讥诮东条是"亲爱的傻瓜"，东条则处处压制打击他。东条得势后，石原被迫退出军界闲居在家。这种狼与狼的争斗竟使其中的一只变成了"羊"，这只"羊"竟然越来越像羊了。他玩起了超级智力游戏，接二连三地发表"和平"文章，还向麦克阿瑟提出在日本实行"超阶级政治"的设想。麦克阿瑟终于没有逮捕他。
