乱子捅大后，不仅威胁到蒋介石受降、接收的如意算盘，使得蒋介石和戴笠怒火中烧，而且也把大汉奸陈公博逼得气恨交加，起而对抗。
陈公博对周佛海瞒着自己与重庆暗中联络，早已察知并心存不满，且早已认为周镐是周佛海的亲信。如今周镐这么一折腾，陈公博便料定是得之于周佛海的指使。陈公博一是担忧自己的性命，一是咽不下这口气，便暗中策动在伪中央军校任教育长的亲信何炳贤带领学生反击。
以步枪、重机枪和野战炮武装起来的伪中央军校的学生兵分两路，一路在颐和路设置岗哨，封锁路口，保卫陈公博公馆；一路往新街口及西流湾等处，严密包围了储备银行和周佛海住宅。周镐一方亦堆筑起沙袋工事，准备角力。
周佛海见事情闹到这个地步，怕累及自身，一边想法制止周镐，一边打电话给陈公博要求沟通。陈公博怒气冲冲地说："你可以到我这里来，向集合在这里的一千多名军校学生说清楚周镐行动的真相!"末了又补充说："我可以保证你的安全。"于是乎所谓"上海市行动总指挥部总指挥"向刚卸职的伪"政府主席"，或者说一个大汉奸向另一个大汉奸登门谢罪去了。
周镐于18日被冈村宁次的参谋小笠原中佐抓捕，南京指挥部亦被取缔。周镐后被转交戴笠关押审查。
周镐身陷囹圄，自忖何罪之有 由此对军统和国民党心怀怨恨，经中共地下党员徐楚光引导弃暗投明，后在中国人民的解放事业中光荣献身。这已经是题外话了。
周镐之后，由一个叫任援道的以"先遣军司令"的名义维持南京"治安"。此公原身兼伪第一集团军总司令、苏浙皖绥靖主任及海军部长等重职。这次摇身一变亦有蒋介石侍从室"奉谕特派任援道为南京先遣司令，负责京苏一带治安"的密电。然而当今井武夫在芷江洽降时问起此人，得到的回答却是："任道援虽曾申请担任南京地区先遣军总司令，但未予批准。"
南京还是日本人的天下。街头巷尾到处可见日军《移让手续未完毕前日军仍然维持治安》的布告：
一、禁止提灯游行，及其他一切团体之运动；
二、禁止不必要之广播、出版物，以及其他一切言行；
三、除规定之国庆日外，不得悬挂国旗。
如有敢违上列各项者，决依军法严惩不贷，仰各凛遵，切切此布。
大日本皇军南京防卫司令部
25日，新六军一部空运抵宁。
27日，冷欣率前进指挥所200余人乘7架美军运输机在南京大校场机场着陆。冷欣走下飞机，恭候多时的今井手执冈村宁次的名片迎上前来。如约定的那样，从机场到招待所，处处是相背而立的日军。轿车由日军装甲中队护卫，武装摩托车先导，小笠原身披绶带端坐在摩托车斗内指挥，警笛尖啸。冷欣绷紧的神经慢慢松弛了下来。
次日的《中央日报》刊出特大号黑体字新闻标题：
"英勇战士天外来，冷欣中将昨抵京"。
9月8日中午12时左右，中国陆军总司令何应钦上将乘坐"美龄"号专机，在9架战斗机的护卫下到达明故宫机场。中外记者蜂拥到机旁，各界代表和群众挥舞着旗子大声欢呼。两位女学生代表南京市民向何应钦献上鲜花和一幅绣着"日月重光"的锦旗。另一位女学生则代表国民党南京特别市党部献上一幅写有"党国干城"的锦旗。
当晚，何应钦在陆军总司令部礼堂举行中外记者招待会。何应钦无比感慨地说："记得(民国)26年11月26日，我们离开首都的那天，我们都有一个沉痛的决心和坚强的信念，我们一定要奋斗到底，获得最后的胜利……"
