早期的SEO资料经常把真正的搜索引擎与目录放在一起讨论，甚至把目录也称为搜索引擎的一种，这种讲法并不准确。
真正的搜索引擎指的是由蜘蛛程序沿着链接爬行和抓取网上的大量页面，存进数据库，经过预处理，用户在搜索框输入关键词后，搜索引擎排序程序从数据库中挑选出符合搜索关键词要求的页面。蜘蛛的爬行、页面的收录及排序都是自动处理。
网站目录则是一套人工编辑的分类目录，由编辑人员人工创建多个层次的分类，站长可以在不同分类里提交网站，目录编辑在后台审核所提交的网站，将网站放置于相应的分类页面。有的时候编辑也主动收录网站。典型的网站目录包括雅虎目录、开放目录、好123等。
目录并不是本书中所讨论的SEO所关注的真正的搜索引擎。虽然网站目录也常有一个搜索框，但目录的数据来源是人工编辑得到的。
搜索引擎和目录两者各有优劣。
搜索引擎收录的页面数远远高于目录能收录的页面数。但搜索引擎收录的页面质量参差不齐，对网站内容和关键词提取的准确性通常也没有目录高。
限于人力，目录能收录的通常只是网站首页，而且规模十分有限，不过收录的网站通常质量比较高。像雅虎、开放目录、好123这些大型目录，收录标准非常高。目录收录网站时存储的页面标题、说明文字都是人工编辑的，比较准确。
搜索引擎数据更新快，而目录中收录的很多网站内容十分陈旧，甚至网站可能已经不再存在了。
雅虎目录、搜狐目录等曾经是用户在网上寻找信息的主流方式，给用户的感觉与真正的搜索引擎也相差不多。这也就是目录有时候被误称为“搜索引擎的一种”的原因。但随着Google等真正意义上的搜索引擎发展起来，目录的使用迅速减少，现在已经很少有人使用网站目录寻找信息了。现在的网站目录对SEO的最大意义是建设外部链接，像雅虎、开放目录、好123等都有很高的权重，可以给被收录的网站带来一个高质量的外部链接。
