与德国南方集团军群对阵的苏军指挥官是基尔波诺斯将军，他也是“巴巴罗萨”战役中鲜为人知的英雄之一。在指挥权被移交给斯大林的老友、骑兵出身的被戏称为“胡子比脑子还要大”的布琼尼元帅之前，他一直指挥红军进行着顽强而又有效的抵抗。苏军在布琼尼的指挥下被包围在基辅，他趁乱逃出了德军的包围圈。基尔波诺斯将军随即接过了指挥权，后来在率部突围的战斗中牺牲。
在南路，苏军防御兵力最强，德军的推进速度极为缓慢。苏军指挥官基尔波诺斯上将实施的是纵深梯次防御部署，而不是简单地将部队部署在边境线上进行防御。他将4个集团军分成两组进行纵深部署，同时配以精心伪装的掩体和炮兵阵地给予支援。与此同时，当地的地形特点为苏军的防御作战提供了便利，普鲁特河、德涅斯特河、南布格河和第聂伯河向东南注入黑海。此外，普里佩特沼泽南部的坑洼不平的湿地也给苏军提供了极大的帮助。
斯大林一直以为，德国入侵苏联主要是为了夺取乌克兰的小麦、煤矿以及相关的工业资源，因此在此投入了45个步兵师、20个坦克师、10个机械化师和6个骑兵师，与北部和中部相比，该地区的防御更加严密。朱可夫回忆称，6月21日午夜时分，当时正在塔诺波尔（今捷尔诺波尔）前线指挥部的基尔波诺斯将军向莫斯科汇报了从一名德军叛兵那里获得的德国人即将发起进攻的情报。当时，德国南方集团军群及其下属的第4航空队总兵力300万人、车辆60万台、马匹75万匹、坦克3 580辆、火炮7 184门、战斗机1 830架，战线总长度1 350公里。但是，在这段战线中，绵延250公里的喀尔巴阡山脉并没有部署任何德军。在随后的战斗中，虽然苏军对德军予以了重创，但自身却付出了更加惨重的代价。基尔波诺斯将军随后在德军形成有效的战斗队形之前便急于将其麾下的坦克部队投入战斗。如同北方和中央集团军群一样，一种混杂着期望、恐惧和自信的情绪在整装待发的南方集团军群中间蔓延。其中，冯·列宾斯基上尉指挥的摩托化侦察连的官兵们曾经这样说道：“我们将在4周之内征服苏联！”
整装待发
6月21日，星期六，德军发起进攻的前一天，基辅特别军区第8机械化军的政治委员尼古拉?基里洛维奇?波佩尔在军区举行的聚会中露面。在整个晚会期间，他并没有专心玩乐，而是一直担心桑河对岸发生的状况。“我有一种不祥的预感”，他回忆道，“从那以后，只要想起那天晚上，我的心里就会涌起这种感觉：‘我的直觉告诉我’抑或‘我的内心感觉到’。然而，我的直觉和我的心并没有告诉我任何东西，这一切都是因为我――像所有身处前线的高级军官一样――比别人了解更多的事实情况，却无法对此作出合理的解释。”
在波兰―乌克兰边境的加利西亚地区首府利沃夫附近，苏军第41步兵师参谋军官尼古拉·耶尔约明上校在凌晨2时被一份报告惊醒，报告称，驻前线的边防部队准备向指挥部电话报告边境危机。当时，他考虑到这是前线部队首次在深夜里往指挥部打电话，于是急忙赶往指挥部。在嘈杂的电话里，他听到这样的报告：“上校同志，我是柳贝恰－克鲁列夫卡亚（－）防区的指挥官，在我防区的所有地段上均发现德军的异常行动。我们的监听哨探测到了边界另一侧的部队和装甲车辆调动的声响，还探测到了对方步兵从黄昏时分开始集结的情况。在此之前，我们从未发现德军有过此类举动，因此决定向您报告，请指示。”
在写给母亲的家信中，28岁的德军士兵乌里希·莫德森对于击败苏军显得信心十足：“他们不可能组织起任何有效的抵抗。我们的火炮和‘斯图卡’战机足以将他们送入地狱。截至中午时分，为进攻准备的桥梁已在布格河上铺设完毕。现在，我军已经突入苏联境内。今天下午，我亲眼目睹了地动山摇的景象……一切都在按照计划进行着。”
