在陆军内部，一些指挥官认为这项命令实在令人反感，甚至拒绝向下传达。他们对眼前的景象感到震惊，这一切都与军队的起码宗旨相违背。有一名指挥官在向自己的部下宣读这项命令时，周围是死一般的寂静，宣读完毕后，他提醒下属不要忘了《海牙公约》中关于陆地交战的条款以及如何对待战俘的规定。他最后总结道：“无论是谁虐待俘虏，并导致其伤亡，我都会把他送上军事法庭。先生们，你们听明白了吗？”
第4炮兵团的克劳斯·冯·俾斯麦上尉决定不去杀害任何一名苏联政治委员，这是因为作为一名士兵和基督教徒，他实在不明白为什么国防军仅仅因为他人持有不同的世界观就可以轻易地将其杀害。
被放纵的罪恶
尽管一些军官对于对于“政委清除”的命令持保留态度，但实施杀戮行为的除了党卫军和特别行动队之外，还有一些普通士兵。《巴巴罗萨审判法令》规定：“如果德军对苏联公民实施犯罪，可以免于起诉。”事实上，东线战争从一开始就是以一种残酷的方式进行的，而且随着战争的进展变得愈发血腥。无独有偶，这种野蛮暴行也在西线战场上得以体现。随着盟军在诺曼底成功登陆，德军便开始残害俘虏，屠杀平民，烧毁村庄。但是，据一些老兵回忆，德军在西线的罪行与其在苏联所犯下的暴行相比，只不过是九牛一毛。
1941年9月29～30日，大约3．3万名犹太人，包括女人和小孩，被德军带到基辅城外的娘子谷中，全部被保罗·布罗贝尔指挥的党卫军特别行动队支队残酷地枪杀。特别行动队还贴出海报，通知犹太居民去指定地点登记注册，以便搬到新的住所。通知还特别强调了他们要带着食品和基本的衣物。在娘子谷，他们被分批杀害，每批100人左右。据当年曾经执行屠杀任务的老兵回忆，犹太人很容易杀死，因为在行刑时，他们一动不动地站在那里，静静地等待着死亡的来临。但吉卜赛人却不是这样，面对死亡，他们中的大多数人非常惊恐、痛苦，不会老老实实地站在那里，因此射中他们很不容易。一些人在乱枪扫射之下幸存下来，他们挣扎着爬出死于党卫军枪下的支离破碎、血肉模糊的尸体堆。一些儿童则被德军直接扔下了峡谷。
在东欧，党卫军特别行动队总共杀害了大约200万人。很多德军士兵带着自己的照相机进入苏联境内，成为“凶残的游客”，他们到处拍摄绞刑或枪决的快照，在许多恐怖、残忍的照片背景中都可以看到面露狰狞笑容的德国人的脸孔。在娘子谷，冯·龙德施泰特元帅为此专门下令，要求南方集团军群的所有士兵不得观看或拍摄党卫军行刑时的场景。
死亡同样也会以其他方式来临。在一项于1941年5月23日公布的关于充分利用苏联经济的文件中，帝国元帅赫尔曼·戈林声称，作为整个计划的一部分，饥荒以及数百万苏联民众的死亡是不可避免的。
然而，有些德军士兵则为自己的所见所闻而痛苦不堪。炮兵罗伯特?鲁普在给妻子的信中这样写道：“我很少哭泣，因为当你身处这样一种环境中时，哭泣并不能解决任何问题。等我再次回到你的身边自由地享受安宁与快乐时，我们真的有必要大哭一场，那时你才会真正理解你的丈夫。这里的情况不允许哭泣，即使呈现在你眼前的是极为悲惨的景象……一种源自人性的怜悯之心和一种挥之不去的罪恶感渐渐地让所有的人觉醒，一种深深的羞愧感在每个人的心中蔓延。有时候，我觉得自己真的不值得享有被爱的权利。”1941年12月4日，鲁普在大雪纷飞中的卡希拉阵亡。
