在学生时代，他对玛雅历符号产生了兴趣，自己学会了如何在那个奇怪的体系中计算日期。后来在他写信给卡纳吉考古学家西尔韦纳斯?莫利，请求他雇用自己研究奇琴伊察的遗迹时，这成了主要资本。于是莫利同意了他的请求，但是汤普森因为考古中要不断筛尘土而焦躁不安，不久他就在芝加哥费尔德博物馆找了份差事。在那里（那时他还只有二十多岁），他开始发表换算和象形文字方面有见解的论文。
很多年来，汤普森一直是一个浪漫想法的坚定支持者：古玛雅人是神秘的梦想者，凝视着繁星，他们的文字记录了智者崇高的哲学，那些智者完全不为世俗所扰。后来，一些新兴的独立研究者显示那些碑文其实记录了世俗的政治事件和地方历史，汤普森的玛雅观有了些许改变。但是在他生涯的绝大部分时间里，他都固执地坚持玛雅文字的功能比一般文字更崇高。汤普森从哪里得出这个让他坚信不疑而且像情感信念一样为之辩护的观点？
20世纪20年代间，汤普森在卡纳吉进行现场工作时结交了一个玛雅朋友，名叫哈辛托?卡内尔。几十年来，两人一直是密友。对汤普森来说，卡内尔成了玛雅文明辉煌的化身——勤奋、聪明、虔诚、待友忠诚。迈克尔?科在1949年见到了哈辛托，谈到后者，他说，尽管卡内尔在他的《玛雅文明兴衰》（Rise and Fall of Maya Civilization）中用很长的篇幅向他这位朋友表示了敬意，但他省略了一些确实“奇怪”的品质。根据科的描述，卡内尔的脾气酷似酒神迪奥尼申（Dionysian），充满了神秘的思想和精神上的见解。在卡内尔看来，他一定象征了古玛雅人性格的本质：非常聪明（褒义的聪明），而且天赋极高，远在考古学家和人类学家的分析和演绎水平之上。奇怪的是，卡内尔并没有描绘这幅更完整的图景，可能是因为他最深处的信仰，虽不科学但信息完备。卡内尔对汤普森就像150岁的萨满（shaman）对勒?普朗根；唐望（Don Juan）对卡斯特内达（Casteneda）。
20世纪30年代，随着汤普森成为学术界的一颗新星冉冉升起，关于玛雅文字破译应从语音着手还是象形文字着手的争论越来越激烈。汤普森强烈反对从语音着手。他坚持更为广泛地解读玛雅文字符号，反对只从口头方面解读它们（语音方式的目标）。在他的文章中，他的观点有时候是一种信仰，认为玛雅文字含义不清，或者复杂得似乎没有希望把它们翻译成口头语言。有时候，他似乎认为碑文中包含很多不同的含义。他喜欢把文字称为“隐喻符号”——通过比喻代表其他意思的象征，而不喜欢称之为语音成分，或者是表意文字。
在他1950年关于玛雅象形文字的著作中，我们听到一些惊人的神秘观点：
