负责这份报告的专家薛达元说，转基因棉田中某些昆虫比例占优势的情况比较明显，昆虫群落的稳定性不如常规棉田，发生某种虫害的可能性就比较大。
报告显示，转Bt抗虫棉对棉铃虫以外的害虫防治效果很差，某些害虫的发生比常规棉田要严重，甚至上升为主要害虫，危及棉花生长。（《专家呼吁警惕转基因生物对环境的影响》，见食品伙伴网，20060407。）
瑞士研究人员曾经用吃过Bt玉米叶的蚜虫喂养草铃虫幼虫，结果草铃虫幼虫死亡。这是非常让人意外的。因为原本Bt毒蛋白对于草铃虫是无毒的，但不知为何，进入蚜虫体内了就变成了对草铃虫有害的分子形式。同样，用吃了Bt马铃薯叶的蚜虫喂养蚜虫的天敌瓢虫，瓢虫的身体状况和生殖状况下降了。（参见沈孝宙：《转基因之争》，北京，化学工业出版社，92页，2008。）这样的试验结果表明，本来只是针对某种害虫设计的转基因作物，也可能危害这种害虫的天敌，从而危害整个生物链。
欧盟环境官员们发现，转基因玉米会影响到蝴蝶尤其是著名的君主蝶的生长，也会威胁到其他益虫。于是他们做出裁定——转基因玉米种子会对环境造成不可挽回的破坏，其种植将带来无法让人接受的风险，并于2007年禁止销售转基因玉米。
转基因生物包含了从不相关的物种转入的外来基因。它们投放入自然环境后将像一般的生物一样繁殖，转移入其他的物种或者产生新的品种，改变了自然界中的基因资源。
这种对自然基因资源的改变很难被人为控制在最初投放的地区，并且是无法还原的。最令人担心的是，经过人类筛选的外来基因会令新品种比其他原生品种优越，大量繁殖，破坏了当地的生物多样性。
——伊莎贝尔?梅斯特尔，绿色和平组织生物安全项目主任
目前人类对待不希望的物种，如昆虫和草本植物，统统冠以“害”或“杂”，发明了剧毒的农药或除草剂灭杀而后快，不仅灭杀了有害的生物，也造成“害虫”或“杂草”的天敌生物灭绝，造成农田生物多样性急剧下降。其不良后果是，农药越用越多，害虫也越来越猖獗。
