1185年11月末，源赖朝以追讨源义经和整治治安为名，强迫后白河法皇承认自己在属地设置的守护、地头的合法性，并要求将这一制度扩大到全国。每一国设置守护以保障治安，设置地头以检查租税的缴纳。设置守护和地头，是源赖朝具有决定性的一步。从此，源赖朝掌彻底掌握了整个日本的军事和政治力量。
1188年12月，源赖朝凭借其强大的军事实力，命藤原秀衡交出源义经，藤原秀衡坚持不交，然而其子藤原泰衡却杀死了源义经，向源赖朝投降。事后源赖朝又以杀害源义经的罪名，发动全国的守护和地头，亲率大军消灭了奥州藤原氏，控制了奥州。经过此次征伐，源赖朝进一步巩固了自己的势力，其所制定的守护和地头制度也日臻完善，其在日本的统治地位更加牢固。
1192年，后白河法皇去世，后鸟羽天皇亲政，亲政不久，他便封源赖朝为“征夷大将军”。受封后的源赖朝并没有去京都任职，而是在镰仓建立了自己的政权机构，史称镰仓幕府，从此日本进入幕府统治时期。
镰仓幕府设有军事管理机构侍所、行政处理机构政所以及专司刑律机构问住所，还设置了京都守护、镇西奉行及奥州总奉行等职，形成了一套完整的政权组织机构。在武家内部，作为武家首领的幕府将军与“御家人”则以互利的形式结成了主仆关系。“御家人”本以源赖朝起兵召集的东国武士为主，幕府建立后，源赖朝在西国也设置了御家人。
幕府将军任命御家人为“守护”或者“地头”，使祖传下的领地合法化，或授予在战争中立功之人新的领地（“新恩给予”），或代其向朝廷申请官位，这被称作“御恩”。御家人平时担任京都、镰仓的警备工作，假如发生战事，则要自备武器出战，并承担经济负担与义务，称为“奉公”。
1199年，源赖朝去世，长子源赖家继承将军位。当时源赖家只有18岁，缺少其父的政治才能，缺乏对御家人的统御能力。为了巩固自己的地位，树立权威，源赖家排挤幕府元老，倚重自己的母家，这引起了以北条氏为首的御家人的极度不满，为争夺实际控制权，御家人内部也各起纷乱，镰仓幕府的统治岌岌可危。
