后来，饶速日命与神武天皇相见，互换信物，确认彼此皆为天照大神的子孙，而后饶速日命追随神武天皇平定四方。经过六年东征，神武天皇安定天下，辛酉年正月，在橿原宫即位，大赏功臣，在位76年后驾崩。
近千年来，对于神武天皇是否真实存在，无论是民间人士，还是专业学者都有自己的一套说法，莫衷一是，让人难辨真伪。当人们试图从日本的古史中寻求答案的时候，会蓦然发现，这些历史文献中的记载又过于一厢情愿，在展现瑰丽的远古风景的同时，又模糊了历史细节的描述。于是，这位神武天皇生于何时、死于何地成了一个永远没有标准答案的悬案。
或许正是因为这个原因，不知从何时起，众多的研究者将目光投向了一个来自中国的古人，这个古人就是徐福。公元前219年，徐福上书正在东巡的秦始皇，愿去东海仙山为始皇帝求长生不老之药，秦始皇应允，于是徐福带领千名童男童女，及稻种、药物、随从和技艺百工渡海东去，前两次无功而返。公元前210年，徐福第三次出海求不死之药，后再没归来。
徐福到底去了哪里？司马迁在《史记》里说徐福到了“平原广泽”之地，这个地方气候温暖、风光明媚、人民友善，便留下来自立为王了。而这个“王”就是神武天皇。持这一观点的人认为，神武天皇东征实际上就是徐福带领船队东渡日本的历史反映，一直被日本皇室奉为至宝的“剑、镜、玉”三神器，无论是其形制还是制造年代都介于中国的秦汉之间，而这些器物也是徐福从中国带来的。有些考古学者通过考察发现，神武天皇东征路线和徐福登陆日本后的北迁路线相同，尤其是20世纪60年代以来，在神武天皇东征路线上，陆续出土了很多中国秦代时期的器具，这为神武天皇即徐福说提供了实物证据。
不过这不免又让人们陷入另一种思考，徐福本人是否真的到过日本？司马迁所说的“平原广泽”指的是否就是现在的日本？司马迁语焉不详，而日本文字又出现较晚，对早期历史没有片字记录。正因如此，在有人将神武天皇认定为徐福的同时，一些学者认为这一说法十分荒谬。在他们看来，即便徐福真的东渡至日本，也不可能是神武天皇，照《神武纪》所记，神武天皇的即位之年为辛酉，为公元前660年，而这时始皇尚未出生，又何来徐福奉始皇之命出海求药？如此算来，徐福也就不可能与神武天皇划上等号。而且从字面上来理解，神武很明显为中国式谥号，而神日本磐余彦或是神倭伊波礼毗古命则是日本式谥号，所以，这类学者认为神武天皇很可能是后人的附会之言，是明治维新之后，皇权上升的产物。在这一时期，对神武事迹的考证和研究成为一时“显学”，而日本政府也于1889年在据说神武建国地的奈良县橿原市重建了橿原神宫。在每年传说的神武天皇驾崩日，橿原神宫都会举办颂扬其丰功伟业的祭典，包括古装游行等丰富多彩的活动。
