（一）运行成本上升，收入呈历年下降趋势（下面对成本、收入进行分析，略）。
（二）资金状况影响了科研培育工作的深化（下面对资金状况进行分析，略）。
（三）用人机制仍然沿袭事业单位的人事管理办法。
由于在用人机制上一直沿袭的是计划体制下事业单位的人事管理办法，缺乏人才流动和更新机制，使得研究所现有人才结构不合理，难以吸引新的高素质人才，不适应高新技术产业化对孵化器的更新要求。
（四）分配制度没有打破事业单位传统的分配模式。
在分配上，仍然采用的是事业单位传统的分配方式，未能体现岗位、职责、贡献和绩效与分配直接挂钩，缺乏激励机制和约束机制。
鉴于上述原因，必须对研究所进行全面的运行机制改革，实行新的用工制度和分配制度，提高服务效率和培育水平，为孵化企业提供更多更好的扶持，使研究所的运行进入良性循环。
二、改革总体思路
（一）改革的目标
保持研究所非盈利科技服务机构性质不变的前提下，发挥国家级研究所优势，做好政府管理、指导、服务功能的延伸，通过运行机制改革，增强创业中心综合服务功能和活力及自身发展能力；研究所业务部门逐步分批实行公司化改造，按照市场经济规律，对研究所部分业务实行商业化运作，变行政式管理为合同化管理；通过利益机制激励业务部门开展增值服务，提高研究所的服务收益，改善资金状况，增强资金实力；在业务部门公司化的过程中，积极引进社会资金和人才资源，实现资本结构多元化，放大政府资金的引导作用；通过建立现代企业制度，实行全员劳动合同制和岗位工资制，彻底改变现有的用工制度和分配制度；探索生产力诸要素参与分配的模式，建立行之有效的激励机制。
（二）改革的措施
1?在保留研究所事业单位性质和服务功能不减少、不改变的前提下，采取内部公司化运作方式，通过建立现代企业制度，实现内部运作模式的转变，达到我市科研事业单位三年完成改革的目标。
2?在保持研究所对国家投资所有权基本不变和国有资产保值增值的原则下，通过对业务部门公司化的方式，出让部分业务经营权，引进社会资源和资金，实现公司资本结构多元化，使研究所由目前对内部采取的以行政式管理核心的管理结构逐步转变为以现代企业制度为基础的、通过公司董事会实现的法人治理结构。
3?研究所和子公司间由行政隶属关系逐步向合同关系过渡，研究所通过合同条款对公司的服务内容、服务质量和经济指标加以约束，公司的收益、员工的收入与完成合同内容的好坏直接相关。
4?在子公司内部实行企业化的用工制度和分配制度。现有的事业编制员工工资放入档案，作为员工工作调动和退休时按档案中记载基本工资介绍工资和计发退休费的依据，从××××年起不再保留。员工与公司签订劳动合同，按照所在岗位领取薪酬。
5?在公司化过程中积极引进社会资金，探索职工持股，实现资本结构多元化，形成有效的激励机制和约束机制。
6?通过业务部门公司化方式实现创业中心服务职能在创业中心引导、扶持下有序地社会化，从而有利于引进高素质人才，扩大服务能力和培育水平。
7?加强对公司的财务监控，全资子公司不单独设立财务部门，由研究所实行集中管理，提供财务服务。各公司实行独立核算、自负盈亏。
8?明确研究所职能管理部门的岗位设置和职责，包括中层干部在内，实行竞争择优上岗的全员劳动合同制。
三、改革实施办法
（一）岗位设置
研究所改革后的岗位设置为：总经理、副经理、部长、副部长、主管、一般职员、技工、临工。
（二）改革后机构设置
1?部门职责及定员
各职能管理部门只设正职负责人，不设副职。任职的基本条件为：45岁以下，大专以上学历，中级以上职称。
（1）办公室与人事部
职责范围：负责综合协商、督办执行、文秘、印章、机要档案、人事、工资福利、党务、共青团、工会、妇女、计划生育、接待、安全、车辆等管理工作。设负责人×人，职员×人。
（2）财务部及审计部
职责范围：负责财务计划和预算、经济核算和决算、账簿登记、统计、编制会计报表、资金、账户和印鉴、发票的管理、纳税申报、财务审计、证照年审、工资奖金发放、收缴房租和管理费等工作。设负责人×人，职员×人。
（3）投资管理部
职责范围：负责对投资项目的策划筛选、推荐、立项、管理；投资项目后期的股权转让和收益分配；为科技企业提供投融资的中介服务、技术交易、信息化管理等工作。定员由投资管理公司自定。
（4）企业发展部
职责范围：负责对孵化用房的租赁；孵化高新技术项目，培育科技企业，培训科技人才等方面的组织工作；对进驻企业（包括留学生企业）的新办高新技术企业认定、申报专利、申报各类科技项目和专项基金、成果鉴定和奖励、沟通与政府及有关职能部门的联系；组织参加各类交流会和展览会；孵化协会的组织管理等工作。定员由创业咨询公司自定。
（5）综合管理部（科技服务公司）
职责范围：负责物业、后勤、招待所、停车场管理；进驻企业退房的验收和管理；固定资产、设备、办公用品的购置、维修、发放、管理、绿化、卫生的管理；基建工程项目的申报、施工、验收等工作。定员由科技服务公司自定。
2?子公司
风险投资公司：（职能略）。
投资管理公司：承担为企业申报项目、融资和为投资者进行投资管理等业务。
创业咨询公司：引进项目、孵化场地出租和企业管理，并发展相关新业务的延伸服务。如：代办企业工商注册、税务登记、年审、高新技术企业认定、软件企业认定等。
科技服务公司：负责××区物业服务和相关新业务。如：客货运代理业务、餐饮服务、邮政代理服务、招待所服务、为创业科技人员提供配套的生活服务等。
子公司内部机构的设置由各子公司根据各自业务情况自行设置。研究所与各子公司的关系体现为：
（1）子公司各自实行经济独立核算。（略）
（2）对非全资子公司实行董事会领导下的经理责任制，对全资子公司则实行研究所领导班子领导下的经理责任制。各子公司经理负责制定各公司的经营计划、机构设置、用工和分配制度，交董事会或研究所领导班子通过后执行。
（3）在××—××年内，研究所对各子公司实行经营保护，以扶持各子公司的发展，但以后将逐渐向社会开放业务，实现公开公平竞争。
（4）研究所将努力引进社会资源，共同投资，使各子公司的资本结构逐渐实现多元化，从而通过法人治理方式对各子公司进行管理。
（三）用工制度
根据研究所制定的《劳动人事管理规定》，打破现行干部和工人界限，专业技术职称实行评聘分开，允许高职低聘，低职高聘，改变过去的身份管理为岗位管理。对职能部门负责人及员工按照岗位设置、职责要求、面向社会公开招聘。研究所与应聘人员采取双向选择，竞争上岗，择优聘用，签订劳动合同，确立双方的权利与义务。研究所在选择和聘用人员时，将优先考虑和聘用现有员工。改革后被继续聘用的原研究所员工，应重新与研究所或子公司签订劳动合同，其人事档案仍由研究所保管。
