文化大革命运动起来后，军队怎么办？周恩来和老帅们及军队中的大多数干部的想法基本一样，就是军队无论如何不能乱，军队一定要坚持党的领导。
为此，周恩来全力支持主持全军文革小组工作的刘志坚制定了一些旨在稳定军队的有关军队开展文化大革命的规定。在八届十一中全会讨论《十六条》时，周恩来支持刘志坚的建议，坚持在十五条以外加上一条：“部队的文化大革命运动和社会主义教育运动，按照中央军委和总政治部的指示进行。”
对军队文化大革命的一些特殊规定和限制，招致了林彪、江青一伙的不满。
篡国必先篡军。
掌握了一部分“枪杆子”的林彪，深知军中有许多人对他不服，他要把反对他的、他认为不放心的力量全部打倒，让军队全部听他的，为他当接班人扫清道路。
林彪说：“要学蒋介石，把一国兵力抓住了，也就是把一个国家抓住了。”
舞文弄墨的江青、陈伯达、张春桥之流，笔杆子还行，缺的就是“枪杆子”。江青一人常哼哼着京剧《击鼓骂曹》中的一句唱词：“只恨手中缺少杀人的刀。”
要篡军必先乱军，在乱中打倒一批军队老干部，在乱中夺权。
因此，就有了许许多多的一幕。
1966年10月1日，天安门城楼上，第二军医大学“红纵”的一个造反派头头对林彪说：林副主席，军队院校的文化大革命与地方做法不一样，军队搞了许多条条框框，对群众限制太多。军队院校镇压群众运动。
林彪点了点头，当时没有说什么。从天安门城楼下来后，林彪即下命令给“全军文革”，说要立即发一个紧急指示，军队院校的文化大革命完全按照地方一样的搞法。
这样，“全军文革”不得不立即起草一个《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》。
稿子起草出来后，林彪看了很不满意。因为稿子的基本精神还是强调要坚持党委的领导。
林彪下令把文件草稿送中央文革小组审改。江青、康生、陈伯达看后，认为草稿有很多地方不行。他们对草稿逐字逐句修改，最后加上了取消军队院校党委领导的条文。
10月5日，经毛泽东批准，中共中央批转了总政治部《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》。《紧急指示》称：根据林彪建议，军队院校的文化大革命运动，必须把那些束缚群众运动的框框统统取消；根据中央文革小组的意见，宣布取消军队院校的文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导的规定。
中央文革小组成员则在各种场合的讲话中，说《紧急指示》适用于一切单位。
自此，军队的文化大革命灾难开始了。
正如周恩来后来所说：军委《紧急指示》起到了动员作用，但也起了副作用，就是冲击军事机关很厉害。
军队院校的学生四处串联，一次又一次地冲击军事机关，揪斗军队领导干部。
装甲兵司令员许光达大将被揪到国防部大楼前。
成都军区副参谋长被揪到北京来了。
哈尔滨军事工程学院的学生连续冲击国防部大院，并冲入大楼要揪曾任过该校工作组组长的国防部办公厅副主任路扬。
……
当周恩来得知红卫兵冲国防部大院后，当即指示有关方面把国防部列为重点警卫部门，加强警卫力量，在任何情况下都不能让外面的人冲进去。
同时，周恩来还两次接见哈尔滨军事工程学院的“八八团”代表，对他们冲击国防部大院、揪斗路扬提出严厉批评，说：国防科委、国家科委在聂荣臻元帅领导下，成绩是主要的，原子弹都上了天。怀疑一切是不科学的，不符合毛泽东思想。
然而，就在周恩来劝阻学生不要冲国防部时，身为中央文革小组组长的陈伯达来到学生中间。
“军队的将军们不敢到你们中间来，不敢来这里，他们怕群众。我就不怕，到你们这里来了。”陈伯达一口难听的福建官话还振振有词。他还写了一张要求军队首长接见的条子交给学生，说：“出了问题，唯我陈伯达是问。”
