他们随即动员举国上下大治兵甲，大造战舰，大阪、京都全投入紧张备战。丰臣秀吉还向即将领兵出征的加藤清正和小西行长面授机宜，若直接进入中国北京，以朝鲜人为向导；若先进入闽、浙沿海郡县，则以熟悉那一带的日本人或当地人为向导。并且强调军事机密，不能外泄，特别要严防琉球国和朝鲜国人去北京通风报信。事实上，琉球和朝鲜早有人将其所言所行飞报北京，提醒明朝政府及早防范。然而，赶上万历皇帝正与群臣较劲儿，立长立次吵翻了天，谁也没把来自琉球和朝鲜传递过来的消息当回事。及至加藤正清和小西行长率20万大军，高呼"借道战明"，登陆釜山，攻陷汉城，占领平壤，马上就要跨过鸭绿江杀到眼面前了，这才惊出一身冷汗来。
1592年，大明政府决定出兵援朝，把倭人挡住在家门口。但万历爷自毁了令倭寇闻风丧胆的戚家军，辽东总兵李如松又远在宁夏平息叛乱，调动兵马已是捉襟见肘。兵部先派出1000兵马，刚过鸭绿江，就被日军嘁哩喀喳杀个片甲不留，连带队的游击将军也未能幸免。接着出动3000人，又中了加藤正清的"诱敌深入"之计，在平壤附近险些被"一锅端"。此后不得已调回李如松去朝鲜救急，凭借其丰富的作战经验，与加藤正清和小西行长巧为周旋，双方有胜有负，战争由此进入拉锯状态。
兵部尚书石星眼看付出惨重牺牲仍无必胜把握，心里有些发毛，提出停战议和的主张。李如松部疲于奔命，且伤亡惨重，也想停下来喘口气。而此时的日本同样被这场战争拖累得很苦，粮草和兵源难以为继，引发国内骚动不安，连九州大岛主家族内部都有人带头暴动。丰臣秀吉被迫同意和谈，双方算是不谋而合。明朝政府提出，日本必须上表谢罪，以维护"天朝上国"的尊严。同时要求日军无条件撤出朝鲜，保持朝鲜的领土完整，并送还被俘的两个朝鲜王子。丰臣秀吉也从实战中看出，中国委实太大，急切里很难一口将其吞进肚里，需调整侵略方针，细嚼慢咽，一步一步来。他提出明皇室要以一女嫁与日本国王为妻，重新恢复"厚往薄来"的勘合贸易，进而提出割让朝鲜三分之二的土地给日本，并要朝鲜以一大臣为人质确保今后永不"背叛日本"，目的仍在将朝鲜当成日后攻占中国的踏脚板。
这样一场比战场刀枪相见更为微妙复杂的谈判，遇上两个不堪的谈判代表从中搅局。石星物色了浙江嘉兴一个名叫沈惟敬的生意人，说一口流利日语，嘴皮子功夫了得，却是市井无赖一个，心里想的只是在谈判中为自己捞上一把。丰臣秀吉指定的谈判代表小西行长，出身商人家庭，也精于商业骗术。他在战场上没捞到多少好处，同样想着在谈判中多有一些个人的进账。这二位"志趣"相投，一拍即合，利用交战双方言语不通，各自欺骗自己的主子，让双方都相信可以在谈判桌上得到自己想要的条件，以此邀功请赏。他们要假戏真做，还迫使朝鲜派出代表帮着进行表演，不想中途出了岔子，原本设置好的骗局穿了帮，谈判因此彻底破裂。
1596年，丰臣秀吉陆续增兵14万、战舰数百艘，再次遣兵入侵朝鲜，盘踞釜山，逼近汉城。万历皇帝也再次发兵，同朝鲜联手与之对抗。起初，中朝联军接连失利，边打边退。还是新任兵部尚书邢?另出奇兵，与日军鏖战海上，才算稳住了阵脚。1598年8月，丰臣秀吉病死，遗命从朝鲜退兵。此时双方死伤都很惨重，日军士气低迷，加藤正清战死，小西行长也筋疲力尽，被迫率残兵跨过冰封的大同江，向南逃窜。中朝联军趁势追击，最终在露梁海域以朝鲜将领李舜臣和明朝老将邓子龙等先后中弹牺牲为代价，歼灭敌船200余艘，歼灭日军万余，结束了这场战争。
万历皇帝因此兴高采烈，将这次援朝抗日及平定宁夏、播州（ 今遵义 ）之乱，名之为"万历三大征"，特地在午门外举行盛大献俘仪式，命群臣上表称颂，宫廷"文工团"表演"四海升平"之歌舞。但正如后人客观评价的，这其实是一场日本、中国、朝鲜三败俱伤的战争："自倭乱朝鲜七载，丧师数十万，糜饷数百万，中、朝与属国迄无胜算，至关白死而祸始息。"
日本败后，用武力进行自我"反省"。德川家康杀了丰臣秀吉的儿子，灭了这个赫赫不可一世的家族，取而代之成为日本的实际统治者。此人开创的江户幕府，走向另一个极端，不但停止了向海外的扩张，还铲除西方传教士传过来的天主教，明确下达"锁国令"，严禁日本商船出境，漂流海外的日本人也不许回国，违者一律处以极刑。而中国压根就没有反省，但见日本消停下来，马上好了疮疤忘了疼，依旧以海禁替代海防，置海防要塞空壳化于不顾。只在天启年间，因女真人努尔哈赤侵犯辽东甚急，曾在辽东湾一个岛屿上布了重兵，还花了一些银子构筑工事，虽然其意不在防海，好歹让大海一隅得到了"严固"。不想守岛将领一日被杀，明廷马上下令从岛上撤军，再次漏出海上好大一个空当来。清代整理明史的一位学问大家这样评论：明朝虽丧亡的直接原因，看似不在海上，然海岛守军之大撤退，海上防范之大疏漏，"考古者不能无憾焉"。
可惜，接替明朝的清政府海洋意识的缺失，与前朝相比有过之而无不及，顺治、康熙刚一开国，马上又种下了置海洋于不顾的新祸根。
