宁玛派意为“旧译密咒派”。9世纪中叶，朗达玛灭法，西藏贵族扶持苯教，藏传佛教遭受镇压，进入一段“黑暗时代”。后来以这一时期把藏传佛教历史分为前弘期和后弘期。宁玛派以传承前弘期译传的旧密咒为主，重视寻找和挖掘经典，历史渊源早于其他教派。宁玛派早期没有固定的寺院、僧人组织和系统性的教义，重视伏藏传承，许多僧侣可以娶妻生子。这一派极少涉足政治，所以流传至今没有最高法王。自五世达赖开始，历届西藏地方政府逢战争、灾荒、瘟疫等，都要请宁玛派僧人作法禳解，宁玛派高僧曾一直作为噶厦政权专门祈祷师，负责占卜问卦。该教派僧人只戴红色僧帽，俗称红教。
萨迦派在公元11世纪中叶由西藏贵族创立，在13世纪鼎盛一时。这一派在显教方面注重经论的翻译及辩经，采用教主家族世代相传的传承方法，延续至今，由彭措颇章和卓玛颇章两房的长子轮流担任法王。萨迦派最有名的人物是八思巴，他曾被忽必烈封为国师、帝师，发明了八思巴蒙文。教派主寺为萨迦县的萨迦寺，寺庙围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色花条，俗称“花教”。
噶举派是支派最多的一宗。“噶举”意为“口授传承”，传承金刚持佛所授密咒教义，重密宗，重修身，采取口耳相传的传授方法。11世纪由琼布朗觉巴和玛尔巴译师所创，曾一度掌握西藏地方政权。影响力最大的是噶玛噶举派，这一派在13世纪首创了活佛转世的继承方式，逐渐为藏传佛教各派所采用。其主寺是位于当雄县境内的楚布寺。这一派僧人穿白色僧衣，故称为白教。
格鲁派是如今藏传佛教最大的教派。“格鲁”在藏语中意为“善道”，主张僧众严持教规，崇尚苦行，禁止娶妻。1409年，宗喀巴大师在拉萨大昭寺举行祈愿大法会，创立格鲁巴派。当时佛教教规松弛，渐失民心，格鲁巴派风气一新，管理严密，很快后来居上。格鲁派继承中观应成派思想，主张缘起性空，强调先显后密，显密兼修。格鲁派自清代以来形成达赖、班禅、章嘉活佛（内蒙古）、哲布尊丹巴（外蒙古）四大活佛转世系统，并有六大寺：哲蚌寺、甘丹寺、色拉寺、扎什伦布寺、塔尔寺和拉卡楞寺，以严守戒律的黄色僧帽为象征，俗称“黄教”。
1419年，宗喀巴圆寂，大弟子嘉曹杰继承衣钵，成为甘丹寺第二任法台，11年后二弟子克珠杰任第三任法台。宗喀巴、嘉曹杰和克珠杰后来合成“师徒三尊”，200多年后，克珠杰被追认为一世班禅额尔德尼。
宗喀巴圆寂后，八大弟子中的小师弟根敦朱巴先后跟随嘉曹杰、克珠杰学法，然后在1447年入后藏创建扎什伦布寺并任法台。1587年，他被追认为一世达赖喇嘛。
有意思的是，一世达赖喇嘛在后藏创建的扎什伦布寺，后来却成了班禅的住赐之地。而一世班禅活动的前藏，后来却成为达赖喇嘛的根据地。从历史上看，一世班禅地位比一世达赖地位要高。从教阶上看，达赖和班禅都是领袖，没有高下之分。历朝中央统治者也认为达赖和班禅互无隶属关系，地位平等。而达赖和班禅有“互为师徒”的关系，有六位班禅当过十位达赖的老师，又有四位达赖当过四位班禅的老师。
不过，达赖管理的前藏占西藏人口九成，班禅管理的后藏只占西藏人口一成，对比悬殊。加上明清以来，世俗政权归于达赖，居住于布达拉宫的达赖喇嘛成为政教合一的领袖。流传至今，在西藏以外的藏传佛教地区，二者均有崇高威望。但在西藏地方，最高权威是达赖喇嘛。后藏地区的人民信仰班禅，达赖也同样有影响力。
藏传佛教否定现实人生的存在价值，极度轻视世俗世界的意义。在宗教思想影响下，藏人对社会是否进步、生活是否改善、个人是否有利都十分漠然，认为一切都是因果报应，个人无法扭转命运。这种思维方式已经渗透到藏族人的骨子里，成为一种文化基因，使他们忍让谦卑，安于现状，不求进取。
不过，漠视今生的观念与现代社会的价值观是有抵触的，藏人缺乏利益驱动，鄙视商业和竞争，不追求生产和财富的增长，会使社会的发展缺少最根本的动力。同时，社会财富高度向寺庙和宗教活动集中，不能进入生产领域，也让西藏的经济难以发展起来。
藏传佛教的最高价值观念是佛陀舍身饲虎和割肉喂鹰的慈悲利生精神，普渡众生是成佛的目的，也是成就佛果的主要因缘。这种利众道德观，有利于维护社会和谐，推动人心向善，削弱等级观念，消解暴力冲突，藏传佛教还形成了许多保护自然环境，维护生态平衡，固守文化传统的规范和习俗。
眼前的江孜，静静保守着那许多传奇和故事。天高云淡，玛尼堆粗粝石块刻上的经文，显出极富张力的美感，经幡飞舞，似在为虔诚、朴素的藏民们祈福。
