除了倭患之外，还有日本地方大名假借室町幕府之名入贡的情形，终于发生了嘉靖二年（1523年）的所谓“争贡之役”。当时有两帮来自日本的朝贡使节同时到达中国，互相指责对方是假冒的，并发生了殴斗，焚毁了嘉宾堂，洗劫了宁波城，殃及很多无辜军民22。“争贡之役”后，明朝收紧朝贡政策，并且把海禁令制定得更加严格。此后不久，日本内乱加剧，明朝和日本的朝贡关系因而中止，而倭寇的侵扰和走私活动也越来越猖獗，入贡的国家则越来越少23。
其实这时已有不少明朝官员怀疑“海禁”政策的正确性，他们认为私人海上贸易已经不可能遏制，开放“海禁”利大于弊24。明朝终于在隆庆元年（1567年）决定放宽“海禁”，即所谓的“隆庆开禁”，私人海外贸易获得批准。换言之，朝贡贸易的垄断局面被打破了。
“隆庆开禁”后的海外贸易并不是真正的自由贸易，商品种类和出海船只类型等仍然受到一些限制，而中国和日本贸易继续被禁止25。但另一方面，即使是现代国家，也同样需要出入口商人申请“出口许可证”和“入口许可证”。而正如上文所说，美国仍然禁止国民与古巴等国通商。
“隆庆开禁”后，明朝的海外贸易额增加――1611～1612年（万历三十九年）马尼拉的关税有91.5%是由中国船只支付的，可见当时明朝海外贸易的盛况。到了明末，由于荷兰人骚扰沿海和海寇猖獗，明朝政府曾数次企图重新禁止私人出海，但走私活动再度猖獗26。
到了清初，中国在短暂时间内再次实施“海禁”，而且执行得比明朝更为严格，其主要目的是为了对付郑成功。郑成功父亲郑芝龙原为明末的海盗，后来接受安抚归附明朝，清兵南下后又转而降清。郑成功不从，据厦门、金门继续抗清，后来在陆上被清兵击败，便率领水师攻占当时被荷兰人占据的台湾，以“反清复明”为口号，继续跟清廷对抗。清朝视他为心腹大患，再次采用“海禁”政策对付郑氏，并且变本加厉，“海禁”之外再加上“迁界”，即强迫福建、广东沿海居民迁入内地，以杜绝走私行为27。但这次“海禁”也没有彻底地执行――澳门获得豁免，广州也没有认真地推行禁令28，而在“海禁”期间，我们知道仍然有中国船只继续开往日本、爪哇和马尼拉等地29。
“海禁迁界”政策自顺治十七年（1660年）开始实施，至康熙二十二年（1683年）收复台湾后终止，共执行了23年，对福建、广东的经济打击甚大。有些人认为这种政策正好反映出中国的“闭关锁国”心态。但从另一个角度来看，“海禁迁界”的最终目的是收复台湾、扩张领土，这与“闭关锁国”心态完全是两回事。
当时清朝水师还没有能力打败郑氏水师，而根据过往经验，单靠“海禁”不能有效地从经济上封锁台湾，因此要加上“迁界”来提高海禁政策的成效。清朝如果不采用这种极端措施，可能无法收复台湾，那么台湾便不会成为清帝国的一部分，而今天台湾也不会是中国的一个省份了。至于是否值得为了收复台湾而付出这么大的代价，那就见仁见智了。
